热图如何去掉聚类树的同时保留聚类的顺序？

刘小泽写于2020.5.15
相信你看到这个问题，可能感觉很简单，不就一个参数的问题吗？
下面来看探索（全程是基于pheatmap来做的）

首先构建一个测试数据

library(pheatmap)
test = matrix(rnorm(200), 20, 10)
test[1:10, seq(1, 10, 2)] = test[1:10, seq(1, 10, 2)] + 3
test[11:20, seq(2, 10, 2)] = test[11:20, seq(2, 10, 2)] + 2
test[15:20, seq(2, 10, 2)] = test[15:20, seq(2, 10, 2)] + 4
colnames(test) = paste("Test", 1:10, sep = "")
rownames(test) = paste("Gene", 1:20, sep = "")
# 20行（基因），10列（样本）的一个表达矩阵
> test[1:4,1:4]
          Test1        Test2    Test3      Test4
Gene1 0.6807237 -0.860925078 1.855526 -0.4521751
Gene2 3.9723180 -0.002143337 3.571518 -0.9309492
Gene3 2.8913975 -0.055238202 3.505305 -0.2134826
Gene4 4.6034459 -0.420745550 4.334734 -0.9265620

然后最简单的热图是

p1=pheatmap(test)
p1

最简单的热图

现在看到，这里的样本、基因都进行了聚类，将表达相似的排在了靠近的位置，可以让整个图更美观

但有时候，受限于排版的版面大小以及不关心基因之间的聚类关系，不想要聚类树，但是还是想要上面这种已经排好的位置关系

如果简单调整参数

如果只是简单设置，那么最后的样子也会改变

pheatmap(test,cluster_rows = F,cluster_cols = F)

只是简单设置，最后的样子会改变

达不到第一张图的效果，基因名和样本名的位置对不起来

情急之下，可能会手动调整基因名和样本名的位置。但毕竟不是有效之举，下次再遇到依旧是个难题...

其实一个小技巧就能拯救

我们为了后面方便保存，经常会把图片保存为一个变量，然后直接运行这个变量就会打印图片；保存这个变量就会另存为不同类型的图片

但是，保存的这个变量不单单是个字母（比如上面的p1），它还暗藏信息

p1默认是对行和列都进行聚类的，因此我们可以从p1中提取到聚类后的行、列结果，而不用手动去挑【重点就是下面两行代码】

gn=rownames(test)[p1$tree_row[["order"]]]
sn=colnames(test)[p1$tree_col[["order"]]]
> gn
 [1] "Gene16" "Gene19" "Gene15" "Gene18" "Gene17" "Gene20" "Gene5"  "Gene2"  "Gene4"  "Gene7"  "Gene10" "Gene8" 
[13] "Gene3"  "Gene9"  "Gene1"  "Gene6"  "Gene13" "Gene14" "Gene11" "Gene12"
> sn
 [1] "Test6"  "Test10" "Test2"  "Test4"  "Test8"  "Test1"  "Test3"  "Test5"  "Test7"  "Test9"

稍微看一下，是不是和第一张图的名称是对应的呢

然后如果这时我们再画图呢？

# 按照挑出来的基因和样本号进行重排序
new_test=test[gn,sn]
pheatmap(new_test,cluster_rows = F,cluster_cols = F)

最后两张就一样了

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最后编辑于：2020.05.15 23:29:24