SUPPA是一款强大的转录本或局部可变剪切分析工具，适用于有多个条件的可变剪切分析，具有灵活、高效及精准等特点。SUPPA具有很多操作模块，每个模块可以单独运行。SUPPA一共生成5种不同的可变剪切类型，具体可以细分为7种可变剪切，分别是Skipped Exon（SE）、Alternative 5'/3' Splice Sites（A5/A3）、Mutually Exclusive Exons (MX)、Retained Intron (RI)和Alternative First/Last Exons (AF/AL)。
可变剪切类型
原理
1、根据标准分析流程中组装的所有转录本，生成所有可能的可变剪切事件；
2、将标准分析中每个转录本在每个样本中的FPKM转化为每个转录本在每个样本中的TPM；
3、根据每个样本的TPM计算每个可变剪切的PSI值；
4、根据每组样本的PSI值及TPM值计算每个可变剪切事件在两组样本中的ΔPSI 及差异显著性pvalue值。
原理
结果解析
7种可变剪切生成7个结果文件，每个结果文件包含4列可变剪切基本信息，包括染色体编号、可变剪切事件、基因编号及正负链信息，后续紧跟着每个差异组合ΔPSI值及pvalue值，6个差异组合共12列。结果文件中第二列差异剪切事件格式与可变剪切类型一致，即：
SE：s1-s2:e2-s3 跳跃了外显子s2:e2
MX：e1-s2:e2-s4:e1-s3:e3-s4 跳跃了原有的s2:e2，增加了原没有的s3:e3
A5：e1-s2:e1-s3，e2-s3:e1-s3
负链为e1-s2:e1-s3, 外显子5’端由s2变为s3
正链为e2-s3:e1-s3，外显子5’端由e1变为e2
A3：e2-s3:e1-s3，e1-s2:e1-s3
负链为e2-s3:e1-s3，外显子3’端由e2变为e1
正链为e1-s2:e1-s3，外显子3’端由s2变为s3
RI：s1:e1-s2:e2 保留了e1:s2段内含子
AF：e1-s2:e2:e1-s3:e3，s1:e1-s3:s2:e2-s3
负链为e1-s2:e2:e1-s3:e3，第一个外显子由s2:e2变为s3:e3
正链为s1:e1-s3:s2:e2-s3，第一个外显子由s1:e1变为s2:e2
AL：s1:e1-s3:s2:e2-s3，e1-s2:e2:e1-s3:e3
负链为s1:e1-s3:s2:e2-s3，最后一个外显子由s1:e1变为s2:e2，
正链为e1-s2:e2:e1-s3:e3，最后一个外显子由s2:e2变为s3:e3
