陶侃忽然改变主意，召回龚登。温峤写信给陶侃说：“大军有进而无退，可增而不可减。如今已经移檄远近州郡，详情也已报告给您，计划本月下旬，大举进兵，诸郡军队都在路上，就等您的军到，便一起出发。如今您召回军队，让远近人心，疑惑不定，成败的原因，恐怕就将在此了。我才轻任重，实在是靠着您的厚爱，禀承前人所制定的规制，所以首先开出军队，不敢有所推辞。我与您，如同首尾相卫，脣齿相依。我担心有人不能理解您高深的旨意，说您缓于讨贼，这样的名声，很难追回。我与您并受国家方岳之任，安危休戚，于理相同。况且最近以来，我们往来密切，情深义重，一旦我有急，还指望您全军来救，更何况是社稷之难呢！今日之忧，岂只是江州一州而已，朝廷文武官员，哪一个不是踮着脚盼望。假如此州不守，祖约、苏峻派遣官长到此，荆楚西逼强胡，东接逆贼，再加上饥馑，将来之危，恐怕比现在危险多了！您进当为大晋之忠臣，参照齐桓、晋文之功；退当以慈父之情，雪仇爱子之痛（陶侃的儿子陶瞻被苏峻杀于云龙门）。如今祖约、苏峻凶逆无道，痛感天地，人心齐一，个个切齿痛恨。今日进讨，如以石投卵而已；如果您召回军队，那是在将要成功之前，自己制造失败。希望您深切考虑我的话！”
王愆期对陶侃说：“苏峻是一头豺狼，他如得志，四海虽广，岂有您容足之地！”陶侃深切感悟，即刻戎服登舟；陶瞻的灵柩运到，他也不留下治丧，昼夜兼道而进。
郗鉴在广陵，城孤粮少，逼近胡寇，人心动荡。得诏书，即刻流涕誓师，入赴国难，将士奋勇争先。派将军夏侯长等从小路去见温峤说：“听说反贼要挟持天子，东入会稽，我军应当先立营垒，屯据要害，既防止他逃跑，又截断贼军粮运，然后坚壁清野以待贼。贼攻城不能攻拔，野外抢不到物资，向东的道路被截断，粮运断绝，必然自己崩溃。”峤深以为然。
五月，陶侃率众抵达寻阳。人们议论纷纷，都说陶侃要诛杀庾亮以谢天下；庾亮甚惧，用温峤计，到陶侃处下拜谢罪。陶侃大惊，制止他说：“庾亮怎么能拜陶侃呢！”庾亮引咎自责，风度举止，十分恰当，陶侃不觉释然，说：“你修石头要塞以防备我这老头子，今日反而有求于我吗！”一整天与庾亮饮宴欢谈，于是与庾亮、温峤一起向建康进军。戎卒四万，旌旗七百余里，钲鼓之声，远近震动。
苏峻听闻西方兵起，用参军贾宁计，从姑孰还据石头，分兵以拒陶侃等。
五月十八日，苏峻逼皇帝迁到石头。司徒王导固争，不听。皇帝哀泣登车，宫中恸哭。当时天下大雨，道路泥泞，刘超、钟雅步行侍从左右。苏峻给马，二人不肯乘，悲愤交集，慷慨激昂。苏峻听闻，非常厌恶，但是也不敢就杀掉他们。苏峻派他的亲信许方等担任司马督、殿中监，以宿卫为名，实际上是防备刘超等人。苏峻以仓库为皇帝宫殿，每天来皇帝面前，破口大骂。刘超、钟雅与右光禄大夫荀崧、金紫光禄大夫华恒、尚书荀邃、侍中丁潭等人侍从皇帝左右，片刻不离。当时闹饥荒，米贵，苏峻赠送刘超稻米，刘超一概不接受，朝夕侍奉在皇帝跟前，臣子之礼节愈加恭谨。虽然居于幽苦困厄之中，刘超仍然启蒙小皇帝，教授他《孝经》、《论语》。
苏峻派左光禄大夫陆晔负责留守政府，将建康居民全部迁到宫城后苑；派部将匡术守苑城。
尚书左丞孔坦逃奔陶侃，逃侃任命他为长史。
当初，苏峻派尚书张闿暂时负责东方军事，司徒王导密令以太后诏晓谕三吴吏士，让他们起义兵救天子。会稽内史王舒，任命庾冰代理奋武将军，将兵一万，西渡浙江。于是吴兴太守虞潭、吴国内史蔡谟、前义兴太守顾从等都举兵响应。虞潭的母亲孙氏对虞谭说：“你当舍生取义，不要因为我年老而拖累你！”遣送家中男仆，全部从军，卖掉自己的珠宝首饰为军资。蔡谟认为庾冰应当官复原职（吴国内史），即刻离开吴国，将郡城让给庾冰。
苏峻听闻东方兵起，派部将管商、张健、弘徽等抵御；虞潭等与之交战，互有胜负，未能前进。
陶侃、温峤驻军于茄子浦。温峤因为南兵习于水战，而苏峻兵擅长陆战，下令将士：“有上岸者死！”正好苏峻送米一万斛给祖约，祖约派司马桓抚等迎接。毛宝率一千人为温峤前锋，对其部众说：“兵法：‘军令有所不从’，岂能眼看着贼军可击，而不上岸攻击呢！”于是擅自上岸，袭击桓抚，缴获全部粮食，斩获以万计，祖约由此闹粮荒。温峤上表，保举毛宝为庐江太守。
陶侃表举王舒为监浙东军事，虞潭为监浙西军事，郗鉴为都督扬州八郡诸军事，下令王舒、虞潭皆受郗鉴节度。郗鉴率众渡江，与陶侃等会师于茄子浦，雍州刺史魏该也带兵前来会合。
五月二十九日，陶侃等舟师直指石头城，抵达蔡洲，陶侃屯驻查浦，温峤屯驻沙门浦。苏峻登烽火楼，望见士众之盛，有惧色，对左右曰：“我本来就知道温峤能得众心。”
庾亮派督护王彰攻击苏峻党羽张曜，反被张曜击败。庾亮将皇帝符节送去交给陶侃，谢罪。陶侃说：“古人有三败的记录（春秋是鲁国名将曹沫，与齐国交战，三次战败。后来，鲁齐两国国君会晤，曹沫劫持齐桓公，齐桓公同意退回曹沫三战所失土地），您才两次；如今军事紧急，不要老是辞职。”庾亮的司马、陈郡人殷融晋见陶侃，谢罪说：“庾将军非要这么干，不是我的主意。”王彰到了则说：“是我自作主张出击的，庾将军不知道。”陶侃说：“以前殷融是君子，王彰是小人；如今王彰是君子，殷融是小人。”
宣城内史桓彝，听说京城失守，慷慨流涕，进军屯驻泾县。当时州郡多遣使向苏峻投降，长史裨惠也劝桓彝应该与苏峻通使，以纾缓孙峻军队来攻之祸。桓彝说：“我受国厚恩，义在致死，岂能忍耻与逆臣往来！如果失败，认命而已。”桓彝派部将俞纵据守兰石，苏峻派部将韩晃攻打。俞纵将败，左右劝俞纵退军。俞纵说：“我受桓侯厚恩，当以死相报。我不可辜负桓侯，正如桓侯不可辜负国家。”于是力战而死。韩晃进军攻打桓彝，六月，城池陷落，韩晃抓获桓彝，斩杀。
诸军初至石头，即欲决战，陶侃说：“贼众方盛，难与争锋，应当等待有利时机，以智计破敌。”既而屡战无功，监军部将李根建议修筑白石堡垒，陶侃听从。夜里筑垒，天明即成。其间听到苏峻军中动员的声音，诸将都害怕苏峻来攻。孔坦曰：“不会。如果苏峻要攻垒，必须东北风急，让我水军不能前往相救；今天清静无风，贼军一定不会来。听到动员的声音，一定是派军从江乘出击，掳掠京口以东地区。”后来果然如此。陶侃派庾亮以二千人守白石垒，苏峻率步骑兵一万余人四面攻打，不能攻克。
王舒、虞潭等多次与苏峻兵交战，不利。孔坦说：“本来用不着召郗鉴来，他来之后，东方空虚。现在应该让他回去，虽然已经晚了，但也比不回去强。”陶侃于是下令郗鉴与后将军郭默还据京口，建立大业、曲阿、庱亭三个营垒，以分苏峻兵势，派郭默据守大业。
六月十五日，雍州刺史魏该去世。
祖约派祖涣、桓抚袭击湓（pen）口。陶侃听闻，准备亲自将兵迎击。毛宝说：“义军全靠将军领导，将军不可轻动，请让我去。”陶侃听从。祖涣、桓抚经过皖县，攻打谯国内史桓宣。毛宝前往救援，被祖涣、桓抚击败。流箭射穿毛宝大腿，射入马鞍，毛宝让人脚踏马鞍，拔出箭头，血流满靴。回军再击祖涣、桓抚，将他们击退，桓宣才得以出城，投奔温峤。毛宝进攻祖约军于东关，攻陷合肥营垒，这时温峤召他，毛宝回到石头。
祖约诸将秘密与后赵通谋，许诺为内应。后赵将领石聪，石堪引兵渡过淮河，攻打寿春。秋，七月，祖约部众崩溃，逃奔历阳，石聪等虏掠寿春二万余户人家北归。
