MUMmer 4 是一个快速比对 DNA 或蛋白序列的软件，最常用的 program 就是 nucmer 和 promer，分别是比对核苷酸和氨基酸序列的，接下来以 nucmer 为例详细介绍。
安装
wget https://github.com/mummer4/mummer/releases/download/v4.0.0rc1/mummer-4.0.0rc1.tar.gz
tar -zxvf mummer-4.0.0rc1.tar.gz
cd mummer-4.0.0rc1
./configure --prefix=/path/to/installation
make
make install
简单上手
取一个参考基因组 ref.fa，和另一个要与之比对的参考基因组 qry.fa 就可以上手进行比对了：
./nucmer -p <prefix> ref.fa qry.fa
上述命令，会生成如下文件：
<prefix>.delta
如果要查看比对的坐标，可以使用如下命令：
show-coords <prefix>.delta > <prefix>.coords
如果想要可视化，在安装了 gnuplot 的前提下，可以直接运行 perl 脚本 mummerplot，输入文件为第一步比对的结果文件：
./mummerplot -l <prefix>.delta
如果想要进一步了解该软件的使用，可以进一步阅读我写的其它分享；
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