《水形物语》故事发生冷战期间，哑女艾丽莎在政府实验室里工作，是那里的一名清洁女工。一天在实验室里送来了个特别的试验体....
独自生活
艾丽莎早上起来洗漱、做早饭、到隔壁画家朋友看望他，之后独自坐大巴到实验室上班、下班。每天如此日复一日的生活着....
一天在实验室迎来了一件神秘的实验体——被装在水缸里的生物。
它之前一直生活在亚马孙一带、被当地的土著视为神明。但是被美国的军队发现，由警卫护送到实验室。做为研究对象。
邂逅
过几天后，突然实验室的警报响起，一名警卫受伤、满手是血的走出实验室。艾丽莎和他的朋友塞尔达被安排去实验室打扫卫生——清除满地的血迹。
在发现警卫断了的手指后，塞尔达去见负责人。此时独自留在实验室的艾丽莎发现，之前的大水罐。里面慢慢的出现了个人形的生物。
相互试探
发现它后艾丽莎在每天的日常中加入了一个活动——在每天中午一个人偷偷来实验室和它一起吃饭。
第一次开它带来了白水煮蛋。艾丽莎用勺子敲打着鸡蛋、将鸡蛋剥好放在水池旁。
它听见声音慢慢浮出水面、试探性的接近。最后抓起鸡蛋，潜入水中。
之后艾丽莎又给它带来了鸡蛋。并在他们均不惧怕对方的前提下，教会它用手语表达鸡蛋。
如此，每天艾丽莎来实验室陪着它。吃饭、听音乐(艾丽莎偷偷将留声机带到实验室)。
噩耗
在两人渐渐熟识中、日子一天天过去。
这时政府方的一位将军出面、提出要将该生物解刨用于科学研究。
听到消息的艾丽莎，慌忙回家，跑到隔壁画家处，希望他能协助自己，将生物救出来。画家起初是不愿意冒险的，但在艾丽莎的劝说、又因为画家在生活中屡屡受挫意识到自己的朋友，画家决定为艾丽莎铤而走险。
在一旁默默观察艾丽莎和它之间互动的研究员，在得到解刨的消息时，是极力反对的，在反对无效的情况下，研究员决定制造混乱，趁着混乱将生物注射死亡。
拯救独自生活的它
到了执行解刨那天，艾丽莎和画家实施计划着将生物救出。
本打算将生物注射死亡的研究员、不知情的清洁员塞尔达发现艾丽莎的计划后帮助他们逃离实验室。
艾丽莎将它带回家中。查了放生的地点和时间。
在等待放生的日子里，艾丽莎和它每日相处。得知他具有神奇的治愈能力，它用水摸过画家的伤口，伤口治愈了、它的手在画家头上停留，画家重新长出头发。
两人的心逐渐靠近。
别离
在生物被救走后，实验室专门负责它的警卫，被将军要求抓回生物，以此来补救自己的过失。
警卫在压力下疯狂的寻找。
日子一天天的接近放生的日期。眼看着生物身体逐渐衰弱。到了放生的日子，艾丽莎和画家一同将生物送到放生的码头。
也是在今天，警卫找到了知道了艾丽莎救走了生物、并在艾丽莎的住所得知生物将会被放走，警卫急忙赶往码头。
艾丽莎在和它告别，艾丽莎没办法在水下生活，只能他自己回到水下。就在这当下，一声枪响，生物应声倒下。
警卫找到他们开枪射杀了它、艾丽莎随后也中了一枪倒下。画家看到此景，乘警卫不备将其敲晕。这是生物身上中弹的地方自动愈合。它将警卫打倒后。抱着艾丽莎一同跳入水里。
在水下，它吻了艾丽莎。它用自己神奇的治愈力，将艾丽莎脖子上的三道伤疤变成水下可以呼吸的鳃。
两人，在水下一同生活，离开了带给他们伤害的现实生活。
两颗在现实生活中倍受排挤、在实验室的接触。两颗孤独又善良的逐步认识、靠近。相互依偎取暖。
