导读
SPAdes是2012年发表在Journal of Computational Biology上的一篇文章提出的二代测序组装软件，是目前引用量已经达到6200+，在宏基因组组装软件中引用量最高【其他组学不清楚了】。SPAdes不仅推出rnaSPAdes【转录组】、metaSPAdes【宏基因组】、plasmindSPAdes【质粒】，还推出了可以用于二代、三代测序数据混合组装的hybrid SPAdes功能。SPAdes虽然在速度、效率上比不过megahit，但SPAdes内部含校错功能，组装更加准确，也因此适合二代、三代混合组装。
官网：http://cab.spbu.ru/software/spades/
一、SPAdes相关的文章
【1】SPAdes
文章：SPAdes: a new genome assembly algorithm and its applications to single-cell sequencing
杂志：J Comput Biol.
时间：2012
引用：6241+
【2】plasmidSPAdes
杂志：plasmidSPAdes: assembling plasmids from whole genome sequencing data
杂志：Bioinformatics
时间：2016
【3】hybridSPAdes
文章：hybridSPAdes: an algorithm for hybrid assembly of short and long reads
杂志：Bioinformatics
时间：2016
【4】metaSPAdes
文章：metaSPAdes: a new versatile metagenomic assembler
杂志：Genome Res.
时间：2017
【5】rnaSPAdes
文章：rnaSPAdes: a de novo transcriptome assembler and its application to RNA-Seq data
杂志：Gigascience
时间：2019
二、下载、安装SPAdes
wget -c http://cab.spbu.ru/files/release3.14.0/SPAdes-3.14.0-Linux.tar.gz
# 下载目前最新版spades3.14.0
# 下载解压即可使用
meta rna plasmind都在里面了，hybrid在spades中使用混合组装参数即可【在下面了】
conda安装
conda create -n assembly
conda activate assembly
conda install spades
三、SPAdes混合组装二代、三代
在软件canu文章的补充材料中看到了SPAdes混合组装的方法。
软件：canu
文章：Canu: scalable and accurate long-read assembly via adaptive k-mer weighting and repeat separation
杂志：Genome Research
时间：2017
引用：1220+
illumina混合pacbio组装：
./spades.py -1 [illumina1.fq] -2 [illumina2.fq] --pacbio [pacbio.fa] -t 52 -m 400 -o hybrid_pacbio
illumina混合nanopore组装：
./spades.py -1 [illumina1.fq] -2 [illumina2.fq] --pacbio [ont.fasta] -t 52 -m 400 -o hybrid_nanopore
结果
四、SPAdes组装二代
下载解压最新版
wget -c http://cab.spbu.ru/files/release3.15.2/SPAdes-3.15.2-Linux.tar.gz
tar -zxvf SPAdes-3.15.2-Linux.tar.gz
cd SPAdes-3.15.2-Linux/bin/
./spades.py --help
组装meta测序数据
/public/home/zzumgg03/huty/softwares/SPAdes-3.15.2-Linux/bin/./spades.py \
--meta -t 2 -m 10 \
-1 SRR341593_bowtie2.1.fastq \
-2 SRR341593_bowtie2.2.fastq \
-o out_dir
# m, memeory 250G by default
# t, thread 16 by default
spades只支持fastq文件，fasta文件不能用
五，组装质粒
质控
kneaddata \
-i ./rawdata/FC2282_FDSW210258126-1r_1.fq \
-i ./rawdata/FC2282_FDSW210258126-1r_2.fq \
-o ./cleandata/ \
--trimmomatic /route/miniconda3/envs/kneaddata/share/trimmomatic/ \
-t 4 \
--trimmomatic-options "SLIDINGWINDOW:4:20 MINLEN:50" \
--remove-intermediate-output
上下游序列一共1G数据量，spades比较吃内存，内存不够后期会报错，下面分配50G memory做组装。软件默认是250G mem 16 threads。
组装
$route/plasmidspades.py \
-1 ./cleandata/FC2282_FDSW210258126-1r_1_kneaddata.trimmed.1.fastq \
-2 ./cleandata/FC2282_FDSW210258126-1r_1_kneaddata.trimmed.2.fastq \
--threads 16 \
--memory 50 \
-o ./assembly/
结果
