1.创建python3.5环境、安装工具
conda create -n mutmap python=3.5 mutmap
2.准备文件
参考基因组（水稻）：reference.fasta
野生型：10079
分离群体混池：Rice_H304-R06_good
3.分析
mutmap -r reference.fasta -c 10079_1_clean.fq,10079_2_clean.fq -b Rice_H304-R06_good_1.fq,Rice_H304-R06_good_2.fq -n 20 -o example_dir
# -n 20 突变体的个体数量
# -o example_dir 输出位置
# 若需要对fq文件进行修剪，则在最后加上 -T
4.结果
输出文件目录
参考：https://github.com/YuSugihara/MutMap
