使用场景
- 数值运算,特别是多维矩阵运算;
- 并行运算,使用
openmp
优势
- 简单,
Fortran
语法简单 - 易学,
Fortran
矩阵操作与numpy
十分类似, Fortran 与 Numpy 语法对照 - 速度,这个不用多说了
简单例子
# flib.f90
subroutine foo(a, b, c, d, n)
implicit none
integer :: n
real, intent(in) :: a(n,n), b(n,n)
real, intent(out) :: c(n, n), d(n, n)
c = matmul(a,b)
d = matmul(a,b)*2.0d0
end subroutine foo
将上面的代码保存为flib.f90
, 确保Anaconda
, numpy
已经安装,输入下面的命令:
f2py -c -m flib flib.f90
上面的命令再linux
下会生成flib.so
,可以直接导入python
:
使用OpenMP
# flib.f90
subroutine acorr(v, c, nstep)
!$ use omp_lib
! (Normalized) 1d-vacf: c_vv(t) = C_vv(t) / C_vv(0)
integer, parameter :: dp = selected_real_kind(15, 307) ! 64-bit reals
integer, intent(in) :: nstep, nc
real(dp), intent(in) :: v(0:nstep-1)
real(dp), intent(out) :: c(0:nstep-1)
integer :: dt
!$OMP parallel do
do dt = 0,nstep-1
c(dt) = sum(v(0:nstep-dt-1) * v(dt:)) / (nstep-dt)
end do
!$OMP end parallel do
end subroutine acorr
- 使用
ifort
与openmp
编译:
f2py -c -m flib flib.f90 --opt='-O3' --fcompiler=intelem --f90flags="-openmp -D__OPENMP" --f77flags="-openmp -D__OPENMP" -liomp5
- 使用
gfortran
与openmp
编译
f2py -c -m flib flib.f90 --opt='-O3' --fcompiler=gnu95 --f90flags="-fopenmp -D__OPENMP" --f77flags="-fopenmp -D__OPENMP" -lgomp
注意: 上面命令中参数--fcompiler
可以使用下面命令查看,不同系统可用的编译器不同:
f2py -c --help-fcompiler
比如我的系统支持的编译器选项为:
FAQ
传递参数给
Fortran subroutine
时可以使用assumed shape array
吗?
不可以。可以使用
Allocatable arrays
吗?
可以。参考:Allocatable arraysf2py
运行出错了,信息太乱看不到错误信息
在运行f2py
前可以使用下面命令,没有错误信息后再使用f2py
ifort -c flib.f90
#or
gfortran -c flib.f90
Python
中numpy
默认是按行存储的, 而Fortran
数组是按列存储的,需要考虑数组存储的顺序吗?
一般不用。除非数组非常大,接近物理内存,否则f2py
会自动判断是否需要复制数组,具体请参考:Array argumentsf2py
调用Fortran
性能怎么样?
在Linux
系统中,编译的时候加上选项-DF2PY_REPORT_ATEXIT
,结束的时候会输出如下图的性能报告,计算量较小时,f2py interface
所需的时间相对较长, 但计算量很大时,这个时间就不值一提了。
f2py -c -m flib flib.f90 -DF2PY_REPORT_ATEXIT