使用Fortran加速Python

使用场景

  • 数值运算,特别是多维矩阵运算;
  • 并行运算,使用openmp

优势

简单例子

# flib.f90
subroutine foo(a, b, c, d, n)
    implicit none
    integer :: n
    real, intent(in) :: a(n,n), b(n,n)
    real, intent(out) :: c(n, n), d(n, n)
    c = matmul(a,b)
    d = matmul(a,b)*2.0d0
end subroutine foo

将上面的代码保存为flib.f90, 确保Anaconda, numpy已经安装,输入下面的命令:

f2py -c -m flib flib.f90

上面的命令再linux下会生成flib.so,可以直接导入python

image.png

使用OpenMP

# flib.f90
subroutine acorr(v,  c,  nstep)
        !$ use omp_lib
        ! (Normalized) 1d-vacf: c_vv(t) = C_vv(t) / C_vv(0)
        integer, parameter :: dp = selected_real_kind(15, 307) ! 64-bit reals
        integer, intent(in) :: nstep, nc
        real(dp), intent(in) :: v(0:nstep-1)
        real(dp), intent(out) :: c(0:nstep-1)
        integer             :: dt
!$OMP     parallel do
        do dt = 0,nstep-1
            c(dt) = sum(v(0:nstep-dt-1) * v(dt:)) / (nstep-dt)
        end do
!$OMP     end parallel do
end subroutine acorr
  • 使用ifortopenmp编译:
f2py -c -m flib flib.f90 --opt='-O3' --fcompiler=intelem --f90flags="-openmp -D__OPENMP" --f77flags="-openmp -D__OPENMP" -liomp5
  • 使用gfortranopenmp编译
f2py -c -m flib flib.f90 --opt='-O3' --fcompiler=gnu95 --f90flags="-fopenmp -D__OPENMP" --f77flags="-fopenmp -D__OPENMP" -lgomp

注意: 上面命令中参数--fcompiler可以使用下面命令查看,不同系统可用的编译器不同:

f2py -c --help-fcompiler

比如我的系统支持的编译器选项为:

image.png

FAQ

  • 传递参数给Fortran subroutine时可以使用assumed shape array吗?
    不可以。

  • 可以使用Allocatable arrays吗?
    可以。参考:Allocatable arrays

  • f2py运行出错了,信息太乱看不到错误信息
    在运行f2py前可以使用下面命令,没有错误信息后再使用f2py

ifort -c flib.f90
#or
gfortran -c flib.f90
  • Pythonnumpy默认是按行存储的, 而Fortran数组是按列存储的,需要考虑数组存储的顺序吗?
    一般不用。除非数组非常大,接近物理内存,否则f2py会自动判断是否需要复制数组,具体请参考:Array arguments

  • f2py调用Fortran性能怎么样?
    Linux系统中,编译的时候加上选项-DF2PY_REPORT_ATEXIT,结束的时候会输出如下图的性能报告,计算量较小时, f2py interface所需的时间相对较长, 但计算量很大时,这个时间就不值一提了。

f2py -c -m flib flib.f90 -DF2PY_REPORT_ATEXIT
image.png

参考

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