conda--“linux的应用商店”
1. 检查有没有bzip2(一个压缩软件)
直接输入bzip2
,如果有会显示
否则会报错。
输入yum install -y bzip2
可以安装
2. 下载miniconda(官网可直接下载)
使用weget
命令+下载链接
3. 安装:bash
命令 + Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
4. 最后激活:输入source ~/.bashrc
命令
使用conda安装软件
1. 查看当前所有软件列表 conda list
2. 搜索软件 conda search fastqc
【这里以数据质控软件fastqc为例】
3. 安装软件 conda install fastqc -y
【加上-y是自动安装】
如果要指定版本号,可以
conda install fastqc=0.11.7 -y
4. 卸载软件 conda remove fastqc -y
conda 环境
-
查看当前环境
conda info --envs
比如建立一个名叫rnaseq的conda环境,然后指定python版本是3,并安装软件fastqc、trimmomatic(这两个可以一步完成)
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
-
再次查看当前环境:
切换到新环境
conda activate rna-seq
退出当前环境conda deactivate
5.卸载环境中的某个软件conda remove -n rna-seq fastqc -y
卸载环境conda remove -n rna-seq --all
(需要先退出当前环境再删除)