原图
image.png
复现结果
image.png
代码
#----------------------Ro/e热图-------------------------
#全局设定
options(stringsAsFactors = F)
rm(list = ls())
###载入所需R包
library(dplyr)
library(ComplexHeatmap)
library(tidyverse)
library(readxl)
library(tibble)
# 载入数据
dat=read_xlsx('2022.12.1.xlsx'
,sheet = 3)
mat=dat%>%column_to_rownames('Cell_type')%>%
as.matrix()
#--------画图
# 设置颜色
col_fun = circlize::colorRamp2(c(0,2), c("#F3F3A9","#A0201E"))
#添加文字
mat1=mat
mat1[is.na(mat1)]='-'
cell_fun <- function(j, i, x, y, width, height, fill) {
grid.text(
mat1[i, j],
x, y,
gp = gpar(
fontsize = 6
))
}
pdf('D:/Rstudio_data/codes/画图/热图/Ro_e富集热图/Roe_plot.pdf'
,width =unit(4,'cm')
,height = unit(6,'cm') )
Heatmap(mat
,col=col_fun #自定义颜色
,cell_fun = cell_fun #添加文字
,width = unit(4, "cm") #热图全局大小调整
,height = unit(6,'cm')
,name = 'Ro/e' #图例名称修改
,heatmap_legend_param = list(
at=seq(0,2,0.5) #break值
,labels=c('','0.5','1.0','1.5','2.0') #break对应的标签
,labels_gp=gpar(fontsize=6) #图例标签调整
,legend_height=unit(2.5,'cm') #图例高度
,grid_width=unit(0.3,'cm') #图例宽度
,title_gp=gpar(fontsize=8) #图例title参数调整
)
#列调整
,column_names_rot = 45
,column_names_gp = gpar(fontsize=8)
#行调整
,row_names_gp = gpar(fontsize=8)
,row_names_side = 'left'
#关闭聚类
,cluster_rows = F
,cluster_columns = F
)
dev.off()
重点： 对图例各参数的调整
image.png
，其中需要注意的是，当图例是连续变量时，修改宽度用grid_width=unit(0.3,'cm'),修改高度用legend_height=unit(2.5,'cm')。！！！
以及 cell_fun添加热图文本的应用
参考：R 数据可视化 —— 聚类热图 ComplexHeatmap(四)图例 - 简书 (jianshu.com)
🎨[可视化|R包]ComplexHeatmap学习笔记⑤Heatmap and Annotation Legends - 简书 (jianshu.com)
Legend: Make a Single Legend in ComplexHeatmap: Make Complex Heatmaps (rdrr.io)
