Counts到差异表达基因(三)- 无重复数据 - DiffAnalysisNoReplicates.r

写在前面

有时候,我们需要分析的数据并不是近期测的。
那么就会拿到一些没有重复的测序数据。
这些数据或者是RNAseq测序普及的早期,或者是经费有限,更或者实验设计上并不重要的数据。
无论数据,既然数据与课题相关,那么就存在挖掘的价值。
定量方式与之前相同,只是在差异表达分析上,与之前有重复的数据会有所不同

无重复数据的差异表达分析流程

所有文件的准备,均直接参考有重复数据的文件准备。
但是,必须注意的是,没有重复的数据,必然是一个样本对应一个条件。如下

准备好之后,就可以直接运行

Rscript /tools/XiaLabRNAseqPipe/DiffAnalysisNoReplicates.r gene_count_matrix.csv sample.info comp.info

运行结束会得到以下结果


其中,.pdf文件为一些图片,.xls文件为全部进行统计检验的基因以及基于常见阈值筛选后,剩下的差异表达显著的基因

写在后面

无重复的数据,可靠性总是要低一些的。后期数据的使用,还是谨慎起见。

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