转录因子、激酶、靶基因关系
通过RNAseq实验，可以得到数百至数千个差异基因，通过GO、Pathway分析等得到差异基因涉及的生物学功能，或者通路。而我们通常希望通过差异基因的分析，找出明确的分子之间的关系，比如哪些基因是上游，哪些基因是下调，哪些是靶基因。如果把这些关系理顺了，可以直接拿着关系对，做qPCR或WB验证。思路并不困难，通常公司不会提供这样的机制分析，因为并不清楚老师的具体实验设计，以及想要找出什么样的基因。
我们对差异基因之间的关系进行整理，试图从转录因子-靶基因、激酶-靶基因关系的角度，整理差异基因的关系，为老师挑选机制分子提供参考。
转录因子-靶基因关系
首先从在线数据库中获得转录因子与靶基因的关系，该数据为各个转录因子的ChIP-seq数据。而后对RNAseq差异表达基因中差异表达的转录因子与靶基因关系进行整理，结果示例如下：
第一列是数据中差异表达的转录因子，第二列是该转录因子上下调表达，geneup是对应的上调表达的靶基因，genedown是对应的下调表达的靶基因。我们通过这样一个表，可以清晰明了的确定哪些转录因子是重要的，是可以挑选出来验证的。同时可以找到，我们关注的基因受那些转录因子的调控。
激酶-靶基因关系
首先从数据库中获得激酶与靶蛋白的调控关系，该数据由文献整理得到。
与第一个表类似，第一列是有差异表达的激酶，第二列是该基因上下调表达，gene.up表示上调的靶基因，gene.down是下调的靶基因。如果老师有关注的靶标基因可以直接对应出哪个激酶调控他。如果没有思路，也可以从调控数量较多的激酶入手，比如表中的AURKA、CDK1激酶。
