背景

我用conda直接就给我安装的这个版本，先用着吧（自己试了加最新版本号2.0.14，结果各种冲突，哎）
diamond v0.9.14.115 | by Benjamin Buchfink buchfink@gmail.com
Licensed under the GNU AGPL https://www.gnu.org/licenses/agpl.txt
Check http://github.com/bbuchfink/diamond for updates.
命令的语法通用格式是这样：

diamond COMMAND [OPTIONS]

由3部分组成：diamond + command + options

命令参数解读

1、Commands命令有这些:

2.General options通用设置的参数有这些:

关于输出文件的输出格式有0、5、6、100、101这几种，分别代表的意思是：
0 = BLAST pairwise
5 = BLAST XML
6 = BLAST tabular(这个是最常用的格式，也是默认输出格式)
100 = DIAMOND alignment archive (DAA)
101 = SAM

对格式6有详细说明
Value 6 may be followed by a space-separated list of these keywords它是由以下这些关键词组成的、用空格分隔的列表，包括这些列:
qseqid means Query Seq - id ，qseqid指的是要查询/比对的序列 
sseqid means Subject Seq - id，sseqid指的是目标序列。运行的大逻辑是这样的----我们选定目标序列（suject）并将其构建成数据库（database),然后用待比对序列（query）在数据库中搜索，待比对序列遍历数据库中的每一条目标序列后得到最终比对结果。
pident means Percentage of identical matches，pident指的是完全匹配的比例
length means Alignment length，length指的是比对长度
mismatch means Number of mismatches， mismatch指的是没有匹配上的数量
gapopen means Number of gap openings，  gapopen指的是 空位开放的数量
qstart means Start of alignment in query，qstart指的是查询比对的起始
qend means End of alignment in query，qend指的是查询比对的终止
sstart means Start of alignment in subject，sstart指的是比对在目标中的开始
send means End of alignment in subject，send指的是比对在目标中的结束
evalue means Expect value，evalue指的是阈值
bitscore means Bit score，bitscore指的是片段的分数

Default默认情况下表格是以这个顺序来呈现这些列: qseqid sseqid pident length mismatch gapopen qstart qend sstart send evalue bitscore

然后还有这些列，可能需要你输入一些参数才能在列表中输出显示：

qlen means Query sequence length，qlen指的是查询序列的长度
sallseqid means All subject Seq - id(s), separated by a ';'，sallseqid指的是所有目标序列的ids，用；分隔
slen means Subject sequence length，slen指的是目标序列长度
qseq means Aligned part of query sequence，qseq指的是查询序列比对上的部分
sseq means Aligned part of subject sequence，sseq指的是目标序列比对上的部分
score means Raw score，score指的是原始分数  
nident means Number of identical matches， nident指的是完全匹配的数量
positive means Number of positive - scoring matches，positive 指的是正向得分匹配上的数量
gaps means Total number of gaps，   gaps指的是总的空位数量
ppos means Percentage of positive - scoring matches，    ppos指的是正向得分匹配上的比例
qframe means Query frame，    qframe指的是查询阅读框
btop means Blast traceback operations(BTOP)，    btop指的是blast回溯操作
staxids means unique Subject Taxonomy ID(s), separated by a ';' (in numerical order)， staxids指的是独有的目标物种ID，用；分隔
stitle means Subject Title，     stitle指的是目标题目
salltitles means All Subject Title(s), separated by a '<>'，         salltitles指的是所有目标题目，用<>分隔
qcovhsp means Query Coverage Per HSP，      qcovhsp指的是每个HSP的查询覆盖
qtitle means Query title，     qtitle指的是查询的题目

3.Makedb options建库索引的参数就一个:

--in input reference file in FASTA format输入fasta格式的参考文件，如果要建库就是必选参数啊

4、Aligner options比对的参数很多啊:

5 Advanced options高级的参数设置选项，一般都没用过:

6 View options查看选项:

--daa (-a) DIAMOND alignment archive (DAA) file Diamond格式比对存档(DAA)文件
--forwardonly only show alignments of forward strand 只显示比对的正向链

7 Getseq options:

--seq Sequence numbers to display.