一、RepeatMasker安装
Download Page (repeatmasker.org)
Prerequisties
依赖软件：rmblast、trf、repeat database
- conda可解决的安装——rmblast、trf
conda install rmblast rtf
- RepeatMasker
可在INSTALL说明文件查看安装步骤
#software目录下
wget http://repeatmasker.org/RepeatMasker/RepeatMasker-4.1.2-p1.tar.gz
tar -zxvf RepeatMasker-4.1.2-p1.tar.gz
cd RepeatMasker/
#下载repbase
#官网上的下载需要注册，可网上找一个资源下载
tar -zxvf RepBaseRepeatMaskerEdition-20181026.tar.gz
perl ./configure
后面就是比较简单的回车操作
①（告知rtf位置）which trf命令可获取
②（配置搜索引擎）选择2(RMblast)→5(Done)
完成后，会生成一个RepeatMasker文件
./RepeatMasker
image.png
若出现这个界面即为安装成功
如果出现缺失xxx模块的错误提示，可用
#注意模块如果是大写 需要改为小写
conda install perl-xxx
之后就是将软件添加进环境变量
二、RepeatModeler安装
prerequisties
optional
- conda可解决安装
conda install recon RepeatScout MAFFT CD-HIT
conda install -c bioconda ltr_retriever
- genome-tools
wget https://github.com/genometools/genometools/archive/refs/tags/v1.6.2.tar.gz
tar -zxvf v1.6.2.tar.gz
cd genometools-1.6.2
less INSTALL
genometools-INSTALL
#threads=yes(repeatmodeler官网说明),-j4(genometools GitHub网站说明)
make 64bit=yes threads=yes cairo=no -j4
3.Ninja
wget https://github.com/TravisWheelerLab/NINJA/archive/refs/tags/0.98-cluster_only.tar.gz
cd
less README
Ninja-Readme
make all
#然后添加进环境变量就可以了
- RepeatModeler
wget http://repeatmasker.org/RepeatModeler/RepeatModeler-2.0.3.tar.gz
cd RepeatModeler-2.0.3
perl ./configure
在这里配置的时候，我的系统提示出现了错误
devel::size
conda install -c bioconda perl-devel-size
perl ./configure
#一路回车，但又碰到了错误
#需要下载UCSC-tools 为了方便用conda安装
conda install -c bioconda ucsc-twobittofa
conda install -c bioconda ucsc-twobitinfo
conda install -c bioconda ucsc-fatotwobit
后面就是一系列相关依赖软件的路径设置，基本都能找到，找不到就输一下就行啦
./RepeatModeler
#最后运行一下，安装成功!
