但无奈，由于列奥纳多当时采用的实验性的画法，画作完成不到二十年，颜料开始脱落。渐渐地，画中人物也开始难以辨认。后期只能不断修补，到目前为止，已经经历过六-八次的大型修复，最近的一次修补是在1978年，这个修补整整延续了21年时间。
对于修补，有人认为对画作是很好的保护，但另一派声音认为这已经远远颠覆了作品的本色。
好在通过透视的光学和科学的原理，还能看到修复后的画作后面列奥纳多原画的痕迹。
这幅画曾历经磨难，二战期间，感恩教堂被盟军轰炸。
不过，在灾难来临之前，智慧的米兰人民用大量沙包将这幅画紧紧顶在墙上。在整个房间三面墙壁均倒塌的情况下，这面墙和这幅画被保护得完好无损。
1652年，修道院在画作墙体中间另开了一道门，而那道门刚好将基督的脚切掉了。
18世纪末，在法国人占领米兰期间，又将修道院改组成了兵营，后来又被用作监狱。
在爆乱年代，在烟嚣炮火期间，连人的命运都难以保全，又有谁会在乎墙壁上的一幅画呢？能保存到今天，并且通过科学的手段，使原作复原42%的真迹，已经是一个了不起的奇迹。
法国大军对米兰入侵之时，米兰人民深陷恐慌，因为法军多为暴徒，他们会在大街小巷横冲直闯，大肆抢掠，还会奸淫烧杀，卢多维科公爵为了保命，弃位逃跑。列奥纳多失去了庇佑也心灰意冷，他将自己家中的仆人纷纷遣散，正准备另谋出路，这时，法国国王路易十二觐见了他。
国王第一件事便是要求观赏《最后的晚餐》。
国王对待列奥纳多温和又礼让，丝毫没有因为他是战败国臣民从而为难于他，相反，他在法国首领官邸受到了优特。这就是艺术的魅力，列奥纳多用自己敦实的才华获得了列强国首领的欣赏和称赞。
顺便插播一件事情，在二战开始之前，也就是1489年期间，列奥纳多还曾造过一尊雕塑，当时也是应卢多维科公爵的指令。不过，这尊雕塑成了列奥纳多人生的一大败笔，他也曾深深为此懊恼。
他的构思是：制造一个巨大的马的铜像，而公爵正举着长剑威风凛凛地骑在奔跑的马上。
构思成熟以后，他又冒出了一个新的想法：要把马造得活灵活现，那还需要去解剖一匹马。
后来他真的解剖了马，并为此写了厚厚的一本有关于解剖马的学术论著。正当前期工作都准备完毕，马的雏形也用石膏做好，他也申请到了75吨青铜，但就在这个时候，法国兵攻打了进来，75吨青铜为抵御军事战乱，被用来造了大炮。
米兰沦陷以后，法国兵果然在城中烧杀淫掠，做尽坏事。最令列奥纳多头痛的是，那匹石膏马被当作靶子，被法国官兵射得粉碎。
他费尽心血制造出来的艺术作品只不过昙花一现，终将在兵荒马乱中化为乌有。
1500年，列奥纳多重回到故乡佛罗伦萨。
这之后的几年时间里也是他一生中艺术成果最为丰硕的时期，因为另一幅伟大的作品《蒙娜丽莎》在这个时候开始绘制。《蒙娜丽莎》迄今都是一幅未完成的作品，但是却像《最后的晚餐》一样流芳百世。
《蒙娜丽莎》指的并不是一位女子的全名，而是女子真名为丽莎，而蒙娜是夫人的意思。所以此后，我们会看到很多绘画作品，都被称为蒙娜XX，那都是XX夫人的意思。
但是，他当时为什么会接《蒙娜丽莎》的订单呢？那个时候要想请名画家接一件差使是多么困难的一件事情。
曾有一个这样的典故：列奥纳多有一次为一位公爵夫人画过一只手，自从看了这只手之后，这位夫人一直惜惜念念，追了画家十几年，就是要求他能够再为自己画一幅画像，无奈，固执的画家始终没有点头。
可是《蒙娜丽莎》却最终能问世，可以归纳为三个原因：第一、是因为丽莎是一位普通丝绸商的妻子，而这家丝绸供应商跟画家的父亲是世交；第二，女孩只是普通市民并非达官贵人，这样画家在创作时就可以不用照顾她人的情绪，能不受干扰地按自己意愿来绘制；第三、丽莎夫人确实很漂亮，虽然列奥纳多一生不近美色，但他有一双犀利的发现美的眼睛，他欣赏丽莎夫人的美貌。
他后来又画了《圣母子和圣安妮》。圣母子指的是玛丽亚和耶稣，圣安妮是玛丽亚的母亲，这是祖孙三代的故事。此后他又绘制了《丽达与天鹅》，但这幅画曾丢失过，很有可能是他的小男朋友萨莱偷走的。
列奥纳多终生未婚，不近女色，但他身边不乏美男，而萨莱正是他的一位终身伴侣。
萨莱原名贾科摩，10岁时到列奥纳多身边服侍，主要角色是学徒、助手、财务总管和伙伴。萨莱是列奥纳多给他起的绰号，意即小恶魔，因为他长期偷东西。但实际上，萨莱满头卷发，面目清秀，如果摒弃小男孩偷东西的坏习惯，列奥纳多该是非常喜欢这个男孩的。
他们之间关系微妙。
在古希腊，通常把成熟男人和单纯小男孩之间的爱情看作是完美的爱情，有一种柏拉图式的唯美精神之感，而女人只是传宗接代的工具。正因为列奥纳多和萨莱是主仆关系，受到当时社会的限制，因此又不可能产生真正意义上的爱情，但恰恰就是这种超越世俗观念之外的爱情又正是艺术家所向往的。
萨莱不仅喜欢偷东西，他还缺乏教养，有时表现得对主人不尊重。但就是因为他的性格，他对列奥纳多总是有说不完的话，又加上外表迷人，而且跟主人有很多相似之处，所以，他总是能意外地获取主人更多的好感。
