公元1079年三月，也就是宋神宗元丰二年，苏轼由徐州调往湖州(今浙江湖州）任市长，远离中枢八年时间，他不知道朝堂之上已经发生了很大变化。
主张变法的王安石，因旧党反对且新法实施不利，再加上长子王雱病故，请辞宰相。如今三十多岁的神宗皇帝已经不再是那个可以由大臣随意左右的少年了，他开始平衡新旧党争，拥有绝对的权威。此时中央高级官员主要是副宰相王珪，以及王安石提拔任用的新人比如权御史中丞李定，权监察御史里行-舒亶、何正臣等，这些都是靠着新法的开展而得以升任高位，但他们的官做的并不踏实，无时无刻不在担心以司马光为首的这些旧党重臣会卷土重来，为了他们的政治利益，开始不断寻找机会和手段实施来稳固他们的地位。
欧阳修去世后，苏轼已经大有接棒成为文坛领袖的趋势，文人儒生皆以“夫子”称呼。而苏轼是一直反对新法的，所以他们已经把他视为就是旧党的代表人物之一，欲除之而后快的眼中钉。
苏轼到湖州上任之后，为了感谢圣恩，写了一篇《湖州谢上表》，没想到这份表到了李定等人手里，找到了其中的一句话大做文章，率先由何正臣打响第一炮：
“陛下知其愚不适时，难以追陪新进；察其老不生事，或能牧养小民。”
说苏轼摘引“新进”、“生事”等语上奏，“愚弄朝廷，妄自尊大”。同时，舒亶、李定又借机找到苏轼相关的诗集，苦苦“潜心专研”四个多月，从他的诗文中找出个别句子，断章取义，罗织罪名：
“至于包藏祸心，怨望其上，讪渎谩骂，而无复人臣之节者，未有如轼也。"
李定直接控诉苏轼有四宗罪，该杀：
1、苏轼初无学术，滥得时名，偶中异科，遂叨儒馆；
2、无视朝廷；
3、蛊惑人心；
4、诋毁圣誉。
“臣叨预执法，职在纠察，罪有不容，岂敢苟止？伏望陛下断自天衷，特行典宪，非特沮乖慝之气，抑亦奋忠良之心，好恶既明，风俗自革。”
接二连三的“证据”使得神宗皇帝也大为震怒，吩咐由御史台全力追查此案。朝廷派出钦差皇甫遵前去将苏轼带回京城查问，然而此时的苏轼还蒙在鼓里，苏轼的一个好友驸马王冼，听到这个消息，赶紧派人去给在南京做官的苏辙送信，苏辙立刻派人去告诉苏轼，朝廷派出的钦差皇甫遵也同时出发，但苏辙的人先到，苏轼知道消息，立即请假，由通判祖无颇代理市长。
皇甫遵到时，太守官衙的人慌做一团，不知会有什么事发生。苏轼不敢出来，与通判商量，通判说:
“事已至此，无可奈何，需出见之。”
苏轼一听，就准备出去。祖无颇连忙提示:“衣服，衣服。”苏轼说:“既有罪，不可穿朝服。”祖无颇提醒道:“未知罪名，仍当以朝服相见”。于是苏轼穿上官衣官靴，面见钦差皇甫遵。
苏轼首先说到：
“轼自来疏于口舌笔墨，着恼朝廷甚多，今日必是赐死。死固不敢辞，乞归与家人诀别。”
皇甫遵淡然道：“不至于此。”命士兵打开公文一看，是份普通公文，不过是以苏轼以诗文讪谤朝廷，传唤进京而已。
太守官衙的人全都吓得手足无措，个个躲躲藏藏，家人更是悲伤大哭，然而苏轼已容不得诉说离别，钦差要求他马上就得启程，苏轼心中所思：此一去，恐怕凶多吉少，九死一生了。
