http://www.bio-info-trainee.com/1399.html
因为网站服务器偶尔连不上，为了方便自己，也方便大家就转载一下
生信技能树 瑞思拜
现有的基因芯片种类不要太多了！
但是重要而且常用的芯片并不多！
一般分析芯片数据都需要把探针的ID切换成基因的ID，我一般喜欢用基因的entrez ID。
一般有三种方法可以得到芯片探针与gene的对应关系。
金标准当然是去基因芯片的厂商的官网直接去下载啦！！！
一种是直接用bioconductor的包
一种是从NCBI里面下载文件来解析好！
首先，我们说官网，肯定可以找到，不然这种芯片出来就没有意义了！
然后，我们看看NCBI下载的，会比较大
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GPL6947
这两种方法都比较麻烦，需要一个个的来！
所以我接下来要讲的是用R的bioconductor包来批量得到芯片探针与gene的对应关系！
一般重要的芯片在R的bioconductor里面都是有包的，用一个R包可以批量获取有注释信息的芯片平台，我选取了常见的物种，如下：
> gpl organism bioc_package
>
> 1 GPL32 Mus musculus mgu74a
>
> 2 GPL33 Mus musculus mgu74b
>
> 3 GPL34 Mus musculus mgu74c
>
> 6 GPL74 Homo sapiens hcg110
>
> 7 GPL75 Mus musculus mu11ksuba
>
> 8 GPL76 Mus musculus mu11ksubb
>
> 9 GPL77 Mus musculus mu19ksuba
>
> 10 GPL78 Mus musculus mu19ksubb
>
> 11 GPL79 Mus musculus mu19ksubc
>
> 12 GPL80 Homo sapiens hu6800
>
> 13 GPL81 Mus musculus mgu74av2
>
> 14 GPL82 Mus musculus mgu74bv2
>
> 15 GPL83 Mus musculus mgu74cv2
>
> 16 GPL85 Rattus norvegicus rgu34a
>
> 17 GPL86 Rattus norvegicus rgu34b
>
> 18 GPL87 Rattus norvegicus rgu34c
>
> 19 GPL88 Rattus norvegicus rnu34
>
> 20 GPL89 Rattus norvegicus rtu34
>
> 22 GPL91 Homo sapiens hgu95av2
>
> 23 GPL92 Homo sapiens hgu95b
>
> 24 GPL93 Homo sapiens hgu95c
>
> 25 GPL94 Homo sapiens hgu95d
>
> 26 GPL95 Homo sapiens hgu95e
>
> 27 GPL96 Homo sapiens hgu133a
>
> 28 GPL97 Homo sapiens hgu133b
>
> 29 GPL98 Homo sapiens hu35ksuba
>
> 30 GPL99 Homo sapiens hu35ksubb
>
> 31 GPL100 Homo sapiens hu35ksubc
>
> 32 GPL101 Homo sapiens hu35ksubd
>
> 36 GPL201 Homo sapiens hgfocus
>
> 37 GPL339 Mus musculus moe430a
>
> 38 GPL340 Mus musculus mouse4302
>
> 39 GPL341 Rattus norvegicus rae230a
>
> 40 GPL342 Rattus norvegicus rae230b
>
> 41 GPL570 Homo sapiens hgu133plus2
>
> 42 GPL571 Homo sapiens hgu133a2
>
> 43 GPL886 Homo sapiens hgug4111a
>
> 44 GPL887 Homo sapiens hgug4110b
>
> 45 GPL1261 Mus musculus mouse430a2
>
> 49 GPL1352 Homo sapiens u133x3p
>
> 50 GPL1355 Rattus norvegicus rat2302
>
> 51 GPL1708 Homo sapiens hgug4112a
>
> 54 GPL2891 Homo sapiens h20kcod
>
> 55 GPL2898 Rattus norvegicus adme16cod
>
> 60 GPL3921 Homo sapiens hthgu133a
>
> 63 GPL4191 Homo sapiens h10kcod
>
> 64 GPL5689 Homo sapiens hgug4100a
>
> 65 GPL6097 Homo sapiens illuminaHumanv1
>
> 66 GPL6102 Homo sapiens illuminaHumanv2
>
> 67 GPL6244 Homo sapiens hugene10sttranscriptcluster
>
> 68 GPL6947 Homo sapiens illuminaHumanv3
>
> 69 GPL8300 Homo sapiens hgu95av2
>
> 70 GPL8490 Homo sapiens IlluminaHumanMethylation27k
>
> 71 GPL10558 Homo sapiens illuminaHumanv4
>
> 72 GPL11532 Homo sapiens hugene11sttranscriptcluster
>
> 73 GPL13497 Homo sapiens HsAgilentDesign026652
>
> 74 GPL13534 Homo sapiens IlluminaHumanMethylation450k
>
> 75 GPL13667 Homo sapiens hgu219
>
> 76 GPL15380 Homo sapiens GGHumanMethCancerPanelv1
>
> 77 GPL15396 Homo sapiens hthgu133b
>
> 78 GPL17897 Homo sapiens hthgu133a
这些包首先需要都下载
> gpl_info=read.csv("GPL_info.csv",stringsAsFactors = F)
>
> ### first download all of the annotation packages from bioconductor
>
> for (i in 1:nrow(gpl_info)){
>
> print(i)
>
> platform=gpl_info[i,4]
>
> platform=gsub('^ ',"",platform) ##主要是因为我处理包的字符串前面有空格
>
> #platformDB='hgu95av2.db'
>
> platformDB=paste(platform,".db",sep="")
>
> if( platformDB %in% rownames(installed.packages()) == FALSE) {
>
> BiocInstaller::biocLite(platformDB)
>
> #source("[http://bioconductor.org/biocLite.R](http://bioconductor.org/biocLite.R)");
>
> #biocLite(platformDB )
>
> }
>
> }
> 下载完了所有的包， 就可以进行批量导出芯片探针与gene的对应关系！
> for (i in 1:nrow(gpl_info)){
>
> print(i)
>
> platform=gpl_info[i,4]
>
> platform=gsub('^ ',"",platform)
>
> #platformDB='hgu95av2.db'
>
> platformDB=paste(platform,".db",sep="")
>
> if( platformDB %in% rownames(installed.packages()) != FALSE) {
>
> library(platformDB,character.only = T)
>
> #tmp=paste('head(mappedkeys(',platform,'ENTREZID))',sep='')
>
> #eval(parse(text = tmp))
>
> ###重点在这里，把字符串当做命令运行
>
> all_probe=eval(parse(text = paste('mappedkeys(',platform,'ENTREZID)',sep='')))
>
> EGID <- as.numeric(lookUp(all_probe, platformDB, "ENTREZID"))
>
> ##自己把内容写出来即可
>
> }
>
> }
