引物设计你会了吗??都是干货,还不赶紧跟我一起学起来!!

2019年1月17日,星期四,晴
今天又醒来很早,打开手机发现老婆给我发了一个链接宝钢优秀学生特等奖、36篇SCI论文……东大“学神”是怎样炼成的?,内容是关于她本科同学的报道——这位同学在读书期间发了很多SCI文章也获得了各种奖项。我老婆非常佩服,我仔细研读了这个报道,感觉这个家伙确实很牛!希望自己好好努力,也能达到这个成绩。(注意我的希望只是希望而已,呵呵~)

随后认真学习了一下引物设计的知识。

一、Primer5 Primer5设计引物------图文并茂一步步教你 (文末有软件下载链接)

二、primerbank 学会这个方法,5 分钟找到合适的 qPCR 引物

今早PZP同学临时有事。没办法做qPCR,我就趁机抢过来使用。刚好我设计的引物也回来了,只是一直没有时间试验一下自己设计引物的结果。再加上最近我提起的RNA浓度都很高,而且纯度也合格,所以跑qPCR的兴致极高。但是今天的结果还是很不满意,首先3复孔的组间差异很大,这主要是加样不够精准所致。其次是有的基因如M3和SN12都没跑出来。这个原因就复杂很多了,是引物特异性不行呢,还是试剂有问题呢?今天中午特意找了试剂公司的技术员咨询了原因?他们给我的答复是试剂盒肯定是没问题的,因为你那个内参都跑出来了,而且M14也跑出来了,而且溶解曲线都是单峰的。这反过来说明M3和SN12这两个基因的引物还是有问题的。另外SN12是长链非编码基因,这个逆转录试剂盒不适合它,所以跑不出来。这让我想起泌尿外科ZB医生,他做的miRNA,逆转录的操作确实不一样,所以赶紧让销售员帮我拿点试用装过来试一下。

针对引物设计特异性不高,我专门请教了厦门师弟WZG,他是这方面能手。他连基因过表达和敲除的实验,都是自己构建的载体。好厉害!

今天同门YFQ跑过来做养细胞的,他准备在我们这边缺氧工作站做实验。他拿了一个大大的13cm的培养皿,我还是第一次看到。

下午,查看140和510,发现这两细胞的生长状态都很不错,所以决定冻存起来一部分。在操作140的时候,我不小心出现的一个小差错,不知道会不会导致140细胞污染了,好担心!!

与Het细胞的销售商沟通后,他们答应我,年后再给我寄过来一些。

下午的实验完成比较早,一看时间才4点40分左右,舍不得这么早回去,所以就再练习提取组织RNA。(不小心把其中一个研钵摔碎了,碎碎平安!!)过程是无聊的,结果是非常棒的!这是我这两个月来提RNA最值得骄傲的一次了,因为那个微量分光光度仪,居然连一个提示都没有(三角形和感叹号)。这次RNA的纯度是1.98,浓度是1600多!!可不要太开心了。

对了,中午我还和LZ同学联系了,目前细胞状态不错,明天可以去拿回来了。刚好班长还天天跑大学城,就让她帮我带回来了。(这次神龙一定要召唤出来啊!)

通过与不同的试剂商打交道,发现鼎国公司的产品卖比较实在,就比如说买迈新的的产品,致仁公司要加价10%,而鼎国公司就按迈新官网价格给我。以后要学聪明点,根据这两家公司的优势,订购产品!

先展望一下明后天的工作,因为后天要去切病理蜡块了,所以明天一定要把载玻片写好。可还有一千张载玻片明天才会到,这些要赶制出来,加油!!

傍晚已经预约了明早的qPCR,这次我一定要成功!!切记,要进口的枪和进口的枪头!一个孔一个枪头!按照试剂盒技术员告诉我方法,先将cDNA稀释五倍,然后取2ul模板,以保证效果!

附:引物设计软件primer5

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