所有未经烹煮的天然食物都含有丰富的酵素，也就是说，动物的肉和植物的根、茎、叶以及果实等，均含丰富的酵素。如日本人常吃的生鱼片、生马肉或生牛肉等，就是从生鲜动物中获取酵素；而生菜沙拉及生鲜果菜汁，即是从生鲜蔬果中获取酵素。
此外，传统发酵食品，例如酱油、味噌、干酪、优酪乳以及纳豆等，可以提供食物酵素，对健康有很大的帮助。
多吃生食
人类由于饮食文化的关系，食物大多经过烹煮，这样存在于天然植物、动物中的酵素就会收到破坏，所以现代人摄取来自大自然的酵素的机会就不大，因为食物加热超过50°C时酵素活性会被破坏。
日本人喜好吃生鱼片，爱斯基摩人也生吃鱼肉，据推测：经常吃生鱼肉补充酵素可能是日本人长寿的原因之一。野生动物在大自然环境中生存，都是使用生的动植物的，这使得它们比家养的动物体力更好，更有活力，由此也可以推断，经常从天然植物、动物中获取酵素的人相对不容易生病。
补充酵素营养食品
目前市面上所贩售的食品类酵素产品几乎都来自植物。传统酵素生产包括如下步骤：找寻事宜菌体生长及酵素生长和生产的培养基与培养环境，并利用改良过的菌株，以发酵法来大量生产，最后经过离心或过滤等程序去除菌体和残渣，再以澄清、浓缩、稳定菌液的形式制备酵素。同时，还要满足有单位产量和纯度的基本条件。
优质酵素应具备的条件：
发酵技术成熟、稳定是先决条件
原料种类很多，且为无农药、化肥等污染的蔬果植物，再加上温和性的汉方本草，效果会更好
原料还需要考量其搭配特性。
完善的封存方法
制造过程中要保留原料富含均衡、完整的营养素，及纯植物综合酵素的高活性
有高含量的天然发酵酿造的超氧化物歧化酶（SOD）及抗氧化物质
是完全从天然植物中萃取的纯良质酵素，而非添加或合成的酵素制品
外观上明显浑浊且颜色深暗者、过于黏稠者，皆不是优质的酵素。
