先简单介绍一下，本人在江南大学传统发酵食品中心读研学习，今年（2019年）是研二在读，在前段时间的学习过程中也是历尽艰辛，跨过了整个扩增子的生信分析的第一个小坎，加上上周末实验室里已经毕业的师兄前来指导，也就诞生了写一个个人博客记录学习过程的想法。其实，最开始学习的时候师姐也提过要经常记录的事，但那会也不懂事，觉得自己都记得住，结果小半年过去之后，当时干了啥一点印象都没有了，因此，也算是给自己一个警醒，学习就要有学习的样子，多做记录，毕业的时候也会有些回忆的凭借。
最近，实验室有一些关于做宏基因组和基因组组装的需求，我也就趁机做一些整理记录个人体会。由于本人不擅长把想法转换成文字，既然有刘永鑫老师的那些博文记录珠玉在前，因此还是希望扩增子小白们还是先系统的学习刘老师的内容，我所记录的这些就当是闲时打发时间的读物就行了。
言归正传，在扩增子学习过程中，一直都是在XShell平台下操作服务器完成分析任务的，因此整理了一些扩增子分析中常规的命令，仅供参考。
需要提前说明的是，linux环境下的命令输入后都是需要带空格的，千万不要忘了。
正常我们服务器的登录界面是这样的，登录完成后需要进行一些基本的操作确认操作环境，首先需要输入ll或者ls，展现当前路径下的文件有哪些：
当我们想进入一个文件夹查看里面有哪些文件的时候，就输入cd空格文件名：
光进入还不行，如果进错文件夹了就要退出，退出需要输入cd .. :
在这个目录下有许多文件，蓝色的是文件夹，需要用cd进入，紫色的都是带有内容的文件了，查看文件可以用cat：
或者less命令：
但是这只是查看文件，如果想修改文件怎么办呢？
可以试试vim命令：
sh文件是一个特殊的文件，可以提交集群，后台分析的命令文件，因此经常会需要根据需要进行修改。在sh文件的vim修改命令下，按 i 才可以开始输入（insert），当修改完成后，先按Esc退出修改模式，再输入冒号：，在冒号后输入wq，表示保存并退出，这样才能保存所有插入的内容。其他文件同理。
还有一些零零散散会用到的命令：
需要查看当前路径或者位置，输入pwd即可：
创建新文件夹用mkdir:
把一个文件复制到另一个文件夹里：
那么什么是绝对路径呢？就是输入pwd命令后出现的那个位置：
如果需要删除文件，需要用到rm -rf命令：
当然，在XShell里是可以采用可视化的操作的，在工具栏里有一个文件夹一样的图标（Ctrl+Alt+F），点击即可进行windows主机与服务器之间的通讯工作，移动文件，来回拷贝，新建与删除均可采用鼠标完成。
以上就是我平时用的最多的命令了，我之前看过一些关于linux十大命令之类的文章，这些文章都提到了一个点，我们使用linux是为了使用不是为了编程，因此不需要把那么多命令都记住，只需要记住几个常用的命令，做到熟练进行操作就行，文中提到的这些命令，几乎每一个任务都可能需要用到，因此拿出来进行解释，其他还有一些进阶命令，（个人意见，勿喷）尤其是提高任务效率的命令才是linux中的精髓，只是囿于个人水平有限才会难以招架。
