做生信linux下最好用的下载软件库，非conda莫属。

前2个月由于anaconda公司不给国内镜像授权，各大镜像网站纷纷取消了anaconda的镜像，终于在6月15号清华镜像源发布公告将恢复anaconda镜像，这也让刚开始学习生信的我长舒一口气。这也是我为什么选择了清华镜像的原因。

anaconda下载比较简单：1）可以直接搜索下载，anaconda有两个版本，一个是完整版，一个是精简版。完整版比较大，约600M，里面整合了不少的软件；另外一个版本是miniconda，这个是精简版，很小，下载安装后可以直接自己根据需要安装软件，我安装的就是miniconda。

2）下载可以进入miniconda的下载页面下载，地址为：https://docs.conda.io/en/latest/miniconda.html  ，不同操作系统的版本都有

我选择的是Python3.7的Linux版本，电脑安装的是64位的系统，当然下载的也是64-bit的了，下载完后用bash进行安装。具体下载和安装如下：

打开终端，输入

wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

下载结束后，输入

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #bash是安装命令，后面接的是下载的软件包，如果不知道软件包的名称，可以直接在下载的目录下用 ls 命令查看。

安装过程一直点回车（里面有一个很长的条款文件），然后输入yes就可以了，安装完之后关闭终端再打开，conda就自动运行了，运行的标志为在名称前面有个（base），说明可以用conda进行软件安装了。

配置conda，首先是增加channel，channel就是软件源了，输入 conda config --show channels ,可以查看当前软件源，未配置前只有defaults一个源，配置软件源我用的也是清华的镜像，增加源的代码可以参考清华镜像的链接：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/help/anaconda/

我们一般会用到的源配置命令如下：

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/

conda config --set show_channel_urls yes

增加bioconda源：

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/

如果需要删除源，则输入

conda config --remove channels+地址，如：

conda config --remove channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/

重复增加同一个源会使得该源地址被放置在第一位，这个优先的顺序也是下载软件的源的顺序了。

配置成功后可再查看下，输入 conda config --show channels，则可以看到我们配置的信息了。下面是我增加的软件源。

conda config --show channels

channels:

  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/

  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/

  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/

  - defaults

  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/msys2/

  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/

配置完之后就可以开始用conda安装软件啦～