东汉末年的瘟疫不但影响到赤壁之战的胜败，还影响到魏晋清谈和玄学的兴起、宗教的盛行。
公元204年至219年，中国长江以北爆发疑似流行性出血热，死亡约2000多万，当时人称其为伤寒。相关史料记载，这种疾病主要症状为：由动物传播，强烈传染性﹔死亡率很高﹔患者通常会烧，咳喘，最后气绝而亡。古都洛阳郊外一片荒凉、百姓家破人亡、十室九空。
1.瘟疫与医圣
医圣张仲景，南阳人，他的家族本来人口众多，达两百余人，但在不到十年间有三分之二因瘟疫而死，其中死于伤寒者竟占十分之七。面对瘟疫的肆虐，张仲景内心十分悲愤。对此，他痛下决心，潜心研究伤寒病的诊治，最终写出传世之作《伤寒杂病论》。
《太平御览》中记载过曹植的一篇《说疫气》：“疠气流行，家家有僵尸之痛，室室有号泣之哀。或阖门而殪，或覆族而丧”所见之处白骨覆于野。
2.瘟疫与赤壁之战
建安十三年（公元208年），孙刘联军与曹操战于长江赤壁一带，拥有数十万大军的曹操，败给只有五至六万的孙刘联军。曹操兵败赤壁，但真正让他撤军，最终导致三分天下局面的，其中一个重要原因就是曹军发生了大疫。
据《三国志》中记载，曹操此后感慨：自顷以来，军数征行，或遇疫气，吏士死亡不归；曹操给孙权书信曰上说：赤壁之役，值有疾病，孤烧船自退，横使周确虚获此名。指出大火是曹操自己放，同时指出放火烧船原因在于瘟疫疾病无法预防救治。这里曹军所得的疫病是一场源自于吸血虫的瘟疫，曹军将士多为北方人，水土不服，免疫能力明显不如南方士兵。
有史料统计，东汉桓帝时期，全国人口5000多万，至三国末年，全国因瘟疫死亡人口以千万计。建安二十二年，一场席卷全国的大瘟疫更是造成了十室九空的悲惨局面，司马懿的哥哥司马朗就是因巡逻军营照顾士兵时染上瘟疫死的。东汉著名的“建安七子”，就有五人死在这场瘟疫中。东汉末期百余年成为我国历史上疫情最严重的时期之一。
3. 瘟疫与魏晋清谈和玄学的兴起
这次规模空前的瘟疫，给人们心理投下了阴影。社会学家认为，由自然灾害造成社会灾难，必然会对民众信仰与社会心理带来变化。两汉时代以经学政治伦理为主题的社会主题，迅速转向了魏晋时代关注存在意义和生命真伪，进一步导致清谈和玄学的兴起。
4. 瘟疫与黄巾军起义
另一方面，由于伤寒流行，一些方士便以符水方术为人治病，道教迅速传播，贵族信奉佛教逐步成为潮流。公元183年，张角、张梁、张宝三兄弟趁大疫流行，以妖术教授，立太平道，咒符水以为人疗病，民众神信之。十余年间，徒众数十万。随后，他们发起著名的黄巾起义。
