更新2021年1月27号
文末我给出了我自己的3款软件使用测评，但是仅仅是软件的使用角度，并没有考虑结果的可靠性，而且这篇论文自己也没有看完，仅仅看了有哪些工具。
GetOrganelle 这款软件已经发表了，文章的置顶评论是软件的作者，欢迎大家参考。GetOrganelle 可以直接使用conda安装，使用起来也非常方便
论文题目
The landscape of chloroplast genome assembly tools
还没有发表
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/665869v2
主要内容是比较了7款利用全基因组测序数据组装叶绿体基因组的软件。
7款工具分别是
- ORG.Asm
https://git.metabarcoding.org/org-asm/org-asm - chloroExtractor
https://github.com/chloroExtractorTeam/chloroExtractor - Fast-Plast
https://github.com/mrmckain/Fast-Plast - IOGA
https://github.com/holmrenser/IOGA - NOVOPlasty
https://github.com/ndierckx/NOVOPlasty - GetOrganelle
https://github.com/Kinggerm/GetOrganelle - Chloroplast assembly protocol
https://github.com/eead-csic-compbio/chloroplast_assembly_protocol/
上面的7框工具我用过NOVOPlasty、GetOrganelle和chloroExtractor
我自己的感觉是：
使用相对简单，直接指定全基因测序数据，最终得到叶绿体基因组
- chloroExtractor 安装比较麻烦
- GetOrganelle 运行时间比较长
- NOVOPlasty 相对来说最好用，不依赖任何软件，下载好直接使用，是一个perl脚本，准备好配置文件，而且速度也很快。还有批量的功能。
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