PSI值:(再翻墙找一下答案)
PSI ( Percent-spliced-in,拼接百分比)可以针对isoform, exon,
ASE
进行计算,对于ASE来说, PSI = splice_in / (splice_in
+splice_out),
在RNA-seq 数据中splice_in 和splice_out分别是支持
splice in 和splice out 发生的reads的数目
剪接因子:
SF(剪接因子, splicing factor)参与RNA前体剪切过程的蛋白质因子。根据其功能作用,可以分为核小核糖核蛋白颗粒(snRNP)蛋白因子和非snRNP蛋白因子。
可变剪接表达矩阵的过滤和补缺?
1.低表达量过滤(PSI值接近于0的)2.标准差过滤(表达差异小)
绘制7个气泡图(7种可变剪接事件)
lasso回归:筛选相关性高的基因
第一个视频28min:lasso回归图的意义
生存分析:按照中位值将病人分为高低风险两组
绘制7个ROC曲线
P25:热图表示可变剪接基因是高风险基因还是低风险基因
提取SF的表达量,然后可以做AS事件和SF表达量的分析,最后绘制调控网络