下载TCGA 基因注释文件:gencodev22
https://gdc.cancer.gov/about-data/data-harmonization-and-generation/gdc-reference-files
安装bedtools
conda install -c bioconda bedtools
orconda install -c bioconda/label/cf201901 bedtools
计算
awk -F "\t" '{if($3=="CDS"){print}}' gencode.v22.annotation.gtf|bedtools sort -i -|bedtools merge -s -i -|awk -F "\t" '{print $3-$2+1}'| awk '{sum += $1};END {print sum}'
计算CDS长度
最后编辑于 :
©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者
- 文/潘晓璐 我一进店门,熙熙楼的掌柜王于贵愁眉苦脸地迎上来,“玉大人,你说我怎么就摊上这事。” “怎么了?”我有些...
- 文/花漫 我一把揭开白布。 她就那样静静地躺着,像睡着了一般。 火红的嫁衣衬着肌肤如雪。 梳的纹丝不乱的头发上,一...
- 文/苍兰香墨 我猛地睁开眼,长吁一口气:“原来是场噩梦啊……” “哼!你这毒妇竟也来了?” 一声冷哼从身侧响起,我...
推荐阅读更多精彩内容
- 要求 实现这个功能的软件也很多,还是烦请大家先自己搜索几个教程,入门请统一用htseq-count,对每个样本都会...
- 原文链接:HOPTOP转录组入门(6): reads计数-转录组-生信技能树 要求 实现这个功能的软件也很多,还是...