本文主要讲述diamond软件的升级版diamond2,该文章于2021年4月7日发表在nature methods上
diamond2主要以blastp为标准。从下图可以看diamond2在速度上快diamond 6-8倍,快blastp 8000倍以上。在低错误率下,非常敏感和超敏感模式下的diamond2保持与BLAST相同或略好的灵敏度。
因此diamond2的更新还是很有必要的,尤其是对于那些宏组学数据量以TB来计算的科研工作者门。
安装步骤如下:
wget http://github.com/bbuchfink/diamond/archive/v2.0.13.tar.gz
tar xzf v2.0.13.tar.gz
cd diamond-2.0.13
mkdir bin
cd bin
cmake ..
make -j4
sudo make install