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生信步骤|Orthofinder寻找直系同源基因
在探究功能基因的时候，我们经常需要对所研究的基因/蛋白质进行聚类分组，逐个类群探究蛋白功能。创建同源群可以采用Otrhofinder软件，该软件...
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生信步骤|EffectorP批量预测病原物效应子EffectorP软件利用机器学习原理，通过事先收集已知的效应子制备训练集，从而实现病原真菌和卵菌的效应子预测[1]。 EffectorP发展史...
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生信步骤|原核生物基因组注释--Prokka
全基因组注释是鉴定生物基因组特征的过程。Prokka是一个适用于原核生物基因组注释工具，可以注释细菌，古菌和病毒基因组。Prokka在预测基因组...
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生信步骤｜MAFFT结合HMMER进行多序列比对和基于隐马模型的基因搜索蛋白质都是由相似的小型结构域组成的。如果我们有若干个已知的蛋白序列，那我们就可以根据这些蛋白序列比较其含有的保守域，寻找在蛋白数据库中上是否也有...
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生信步骤|转录组mRNA数据的有参组装转录组的组装能够提供丰富的组学信息，是生物信息学中重要的基础步骤。测序的下机数据经过过滤，比对，排序，组装，最终得到转录本的全部序列信息。下面我...
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生信步骤|kmc+genomescope进行基因组调查在组装未知基因组时，往往需要利用重测序数据提前进行基因组调查，以获取其基因组规模，杂合率，重复序列比例，GC含量等信息。从而更好地拟定后继测序策...
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每周文献|小麦白粉病扩展与全球贸易人类活动与病原物的扩散息息相关。驯化和育种事件会加速病原物群体扩张。小麦白粉病是由白粉病真菌(Blumeria graminis f. sp. ...
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遗传统计|MSMC推断群体历史动态Multiple Sequentially Markovian Coalescent (MSMC)是一种利用马尔可夫模型推断群体动态历史和群体结...
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每周文献|马铃薯泛基因组揭示进化历史马铃薯是全球性的重要作物，目前商业种植主要采用的是同源四倍体马铃薯块茎，运输和种植都多有不便。因此如果能使用二倍体马铃薯种子种植将会降低种植成本...