跳空缺口与回补 是指相邻的两根 K线间没有发生任何交易,由于突发消息的影响,或者投资者比较看好或看空时,股价在走势图上出现空白区域,这就是跳空缺口；在股价之后的走势中，将跳空...
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单细胞测序细胞类型鉴定——肥大细胞肥大细胞特性 肥大细胞（mast cell），发育源于骨髓CD34+前体细胞，广泛分布于皮肤及内脏粘膜下的微血管周围，组织中肥大细胞不多，是连接神经系统和免疫系统的桥梁。 形...
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ComplexHeatmap相关性分析绘制热图加载包、数据 使用Hmisc包rcorr()函数计算一个矩阵的所有可能的列的皮尔逊或斯皮尔曼相关系数，对于大量的基因数据，该方法非常快。ComplexHeatmap制作热图。...
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STAR序列比对（测试支原体污染序列）转录组测序发现唯一比对率特别低，进一步将未比对到参考基因组的序列提出来比对到NCBI NT库。发现多数序列比对到了Mycoplasma hyorhinis，怀疑是支原体污染，...
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linux BLAST序列比对 （nt/nr库）
安装本地blast序列比对软件，我们可以搜索一个查询序列定制数据库，例如想研究一个新测序的基因组，或者感兴趣的一组蛋白质序列。有时我们希望把程序插入到一个流程中，例如搜索一个...
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GSEA详细解释及结果解读Gene Set Enrichment Analysis (基因集富集分析)用来评估一个预先定义的基因集的基因在与表型相关度排序的基因表中的分布趋势，从而判断其对表型的贡献。...
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Centos编译安装新版本的R不支持TIFF输出tiff格式图片是报No TIFF support in this version of R错误，困扰了很长一段时间，谷哥度娘很久也没有解决。 原因：下载安装包安装R时，...
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fgsea单细胞转录组GSEA富集分析Gene Set Enrichment Analysis(GSEA),Subramanian et al. 20051[https://doi.org/10.1073/pna...
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SingleR细胞类型鉴定SingleR计算每个细胞表达谱与每个参考样品的表达谱之间的Spearman相关性，相关分析仅对参考数据集中的变异基因(variable genes)进行。使用相关分布的固定...
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千万别得罪一个广东人
说起房东，很多人的第一印象，可能都是周星驰电影里的包租婆。 在人人都肉眼可见贫穷的时代，唯有她一人精致地卷着头发，穿着飘逸的蕾丝睡裙。 每天的休闲活动不是以牌会友，就是收收房...
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monocle 拟时序分析拟时序分析指的是根据不同细胞亚群基因表达量随时间的变化情况，构建细胞谱系发育。这个时间并不是真的时间，而是一个虚拟的时序列，是指细胞与细胞之间的转化和演替的顺序和轨迹。 mo...
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GEO RNAseq与chip seq数据整合
GEO数据有芯片数据，也有RNAseq数据，芯片数据一般是经过背景校正、标准化过的。如果表达量较小，说明是经过log2转化。 RNAseq数据有counts矩阵，也有FPKM...
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Rmarkdown 设置工作目录
Rmarkdown 怎么设置工作路劲 Rmarkdown里面setwd()没用，个人感觉Rmarkdown里的路径乱七八糟的，不知道自己的文件输出到哪里去了，所以在使用Rma...
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单细胞测序细胞类型鉴定
细胞类型鉴定 细胞类型鉴定分两种思路一种是基于Marker gene， 看某个亚群的差异基因（one to others）与数据库中哪种细胞类型的 marker gene 比...
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sva ComBat去除GEO数据批次效应批次效应 批次效应是测量结果中的一部分，它们因为实验条件的不同而具有不同的表现形式，并且与我们研究的变量没有关系。不同平台的数据，同一平台的不同时期的数据，同一个样品不同试剂...
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君子之心事，天青日白；不可使人不知；君子之才华，玉韫珠藏，不可使人易知。
