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十三. 基因组核型演化分析-WGDI
一. 准备文件 首先，下载基因组注释文件abc.gff3和蛋白序列文件abc.aa；然后，进行格式转换和重命名，得到abc.gff，abc.le...
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十二. Circos基因组作图前言 最近进行基因组数据分析，绘制圈图，想做两个基因组的比较分析，通过查询文献，发现棉花基因组圈图在细节方面做的较好，主要就是染色体排布中间对称...
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十一. 叶绿体基因组 SNP Calling （bwa, samtools, picard, bcftools, plink）前言 最近分析叶绿体基因组，进行SNP Calling，网上搜到生信药丸[https://www.jianshu.com/u/068665394...
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十. 基因表达作图--ggplot2::geom_bar一. 简介 利用柱形图展示不同样品中基因表达的整体情况，首先读取基因表达矩阵，再将数据格式转换成row，col，value三列的格式，然后利用g...
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九. R语言作图--pheatmap（热图）1. 热图及分组 2. 热图聚类和排序 绘制热图的时候我们会遇到这样的问题，我们有一组数据（特别是数据比较多的时候），绘制热图后分别对行和列进行...
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八. SNP检测和进化分析（Snippy）
一. 简介 Snippy[https://github.com/tseemann/snippy]是一款用于SNP检测的软件，可以通过分析得到核心...
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七. 植物叶绿体基因组--组装，注释和比较作图（GetOrganelle，GeSeq，Chloroplot，IRscope）一. 简介 叶绿体是绿色植物，藻类和蓝细菌进行光合作用的场所，光合作用将水和二氧化碳转变为有机化合物并放出氧气。叶绿体所携带遗传物质DNA，以原...
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六. 基因表达相关性分析与作图（R语言“corrplot”包）一. 简介 corrplot包是一个画相关系数图的包，可以用来对基因的表达数据进行分析，分析不同基因间表达的相关性。 二. 实例 1. 数据格式...
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五. 基因组共线性分析-基于MCscanX一. 简介 MCScanX是由福建农林大学唐海宝老师参与开发的基因组共线性分析软件，发表至今引用数200以上，相关概念和算法参考文献如下： Ta...