最近处理的几组数据使我感觉到生信软件的教程一定要看最新的或官方的,因为现在的技术和方法发展太快了,软件更新换代也非常快,每一个版本都可能有细微的区别,网上找到的几年前的教程可...
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Seurat 指导聚类教程 参照官网教程 用了自己的一批真实的数据,总共有7038个细胞。以下是cellranger count跑出来的标准结果。 我们从读取数据开始。Rea...
详细的教程官方已经给出。这里记录自己常用的方法: 安装方法:用Python3安装就可以使用多核参数。sudo python3 -m pip install --user --...
下载bioconductor的包一直用的是三部曲策略,但是最近问题不断,才知道人家已经更新换代了,现在只需要两步就可以了,而且在这个出坑的同时也发现在bioconductor...
在基因组调控元件分析中,HOMER 可以用于发现新的motif。HOMER 通过比较两个序列集,再使用ZOOPS scoring (zero or one occurrenc...
GOplot 包通过封装好的函数可视化基因功能分析结果。 #1. 安装 #2. GOplot 内置数据 ##2.1 脑和心脏内皮细胞的转录组数据 来自文章Nolan et a...
在分析单细胞转录组测序数据前,我们需要将原始的fastq测序文件转化成我们可读的数据,最好的方法是将数据整理为基因-细胞表达矩阵,如此一来后续的分析就能够直接读取到某细胞的某...
HOMER 是一套用于Motif查找和二代数据分析的工具。HOMER 中的工具是使用Perl 和C++编写的,适用于unix操作系统。基于motif寻找的算法,HOMER 适...
这一次,我们来聊聊基因组注释。首先问自己一个问题,为什么要进行基因注释。就我目前而言,它用来解决如下问题: 在mapping-by-sequencing的时候,我找到了一些可...