DNA甲基化是一种基本的表观遗传标记，可以调控基因表达和染色质组装，从而为研究细胞身份和发育过程提供了重要视角。当前已有的数据集通常只包括部分甲基化位点，并且常常基于在培养过...
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Nature：WGBS揭示最全正常人类细胞类型的综合DNA甲基化图谱 -
TO-GCN#软件下载 GitHub - petitmingchang/TO-GCN: Pipeline of time-ordered gene coexpression networ...
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生信分析：两条件时间序列转录组的基因共表达网络前一篇推送为大家解读了2019年发表的PNAS文章，介绍了如何利用两组时间序列转录组数据构建特定的基因共表达网络以及利用这个网络可以得到哪些信息。 这一期推送聚焦于具体的分析...
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可变剪切——可变剪接及其表观遗传调控
Original 表观遗传学习小组 Epigenetics表观遗传学 本文根据 2016 年 8 月复旦大学倪挺教授在「表观基因组学暑期国际讲习班」中的报告整理而成，本文采用...
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RNAseq转录组分析流程：fastp+hisat2+samtools+featureCounts+DESeq2
使用工具 fastp(质控), hisat2(比对), samtools(sam文件转bam文件), featureCounts(count计数), DESeq2(差异分析)...
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基因表达趋势分析-2：Mfuzz基因表达趋势分析-1：TCseq[https://www.jianshu.com/p/b808085c7351] Mfuzz能够识别表达谱的潜在时间序列模式，并将相似模式的基...
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1.CUT&Tag 数据分析实战（1）跟着官网[https://yezhengstat.github.io/CUTTag_tutorial/]学习CUT&Tag数据分析，参考：protocol[https://w...
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GO-plot:超好看的GO富集可视化以下代码均来自GO-plot的manual（GOplot (wencke.github.io)[https://wencke.github.io/]）。GO-plot用条形图...
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DNA甲基化测序之TAPS日常掰虾 前面分别学习了DNA甲基化的基础知识和甲基化BS-seq的分析方法，不知道的同学可以戳这里，DNA甲基化知识概述[https://mp.weixin.qq.co...
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【生信实战】只会GO/KEGG，何不试试Reactome数据库进行富集分析REACTOME 是一个开源、放开、人工整理并经过同行评审的通路数据库。目标是为各个通路提供可视化、可解释的分析，以支持基础研究、临床研究、基因组分析、建模、系统生物学等。 ...
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可变剪切分析及可视化可变剪切的可视化 ggsashimi.py 从github https://github.com/guigolab/ggsashimi[https://github.com/...
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SRA Toolkit - prefetch 快速下载NCBI SRA数据sratoolkit 是NCBI提供的用于处理来自SRA 数据库测序数据的一个工具包。 #1. sratoolkit 配置 #1.1 sratoolkit 下载 首先，下载最...
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@愚人自愈_f911 我是这么理解的
2021-05-23 ChIP-seq数据从头到尾比对及分析汇总（个人分析记录贴）
0_1 前言 有时间再详细写introduction。先把我分析数据的流程记录下来，后续持续更新。 0_2 用到的软件或脚本 测序数据质控：fastp[https://git...
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@许东 过滤的时候一般都是成对保留，不应该出现个数不匹配的情况，看一下fastp参数
2021-05-23 ChIP-seq数据从头到尾比对及分析汇总（个人分析记录贴）
0_1 前言 有时间再详细写introduction。先把我分析数据的流程记录下来，后续持续更新。 0_2 用到的软件或脚本 测序数据质控：fastp[https://git...
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【单细胞】轨迹分析-slingshot轨迹推断/分析是研究细胞动力学的重要方法，它是单细胞研究应用中一种常见的手段。目前已经开发出了大量的轨迹分析算法，最常用是monocle系列（前面我们介绍的也有），这些算法都...
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Metilene：寻找差异甲基化区域（DMR）Manual解读+实操是我自己的理解+操作笔记 1 Introduction 二进制分割算法与二维统计测试相结合，允许在几分钟内检测多组样本的大型甲基化实验中的 DMR，而不是使用现成的硬件几天。...
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简书笔记汇总
以下是我简书里所有的文章链接，按不同的专题分类，方便大家根据不同专题以及文章题目快速的查看所需内容。 持续更新中~ Linux学习笔记 《Linux命令行与shell脚本编程...
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CUT&Tag数据分析笔记（2）在开始笔记之前我只想吐槽一下，官网里这一部分的代码错的离谱！！！各种报错报的我怀疑人生。。。 第四节 比对结果过滤和文件格式转换 （一）利用比对质量过滤比对上的【可选步骤】 ...
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CUT&Tag的分析——demo重复其他拓展阅读 https://www.jianshu.com/p/27e91c8dac2f[https://www.jianshu.com/p/27e91c8dac2f] #...
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CUT&Tag 数据分析（1）官网给的参数其实大多也是默认参数，建议使用管道符或者for循环，事半功倍，不然运行时间太长了。 1.检测数据完整性 公司拿到的数据无论是cleandata还是rawdata，...
