发简信
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曼哈顿图--R可视化曼哈顿图(Manhattan plot)是一种GWAS分析中常用的展示基因组数据的散点图。可以R语言中的qqman、CMplot及ggplot2...
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格式转换--2024-03-23
格式转换hapmap格式：hmp.txtplink格式：ped和map以及二进制文件bed/bim/famvcf格式：vcf 1. hapmap...
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vcf 2 hammp 2024-03-18
第一步，利用GATK中 VariantsToTable 将vcf文件格式转化 第二步：使用如下R脚本将变量表转换为hapmap。 注意：仅仅在单...
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GWAS 分析 2024-03-17
概念 （1）GWAS： 全称“全基因组关联分析”，使用统计模型找到与性状关联的位点，用于分子标记选择（MAS）或者基因定位。 （2）GWAS分析...
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vcftools使用2024-03-17
vcftools主要处理vcf/bcf文件，包括：过滤(filter) ；变异位点的基本统计；数据格式的转换；多个vcf文件的比较（compar...