发简信
IP属地：北京
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软件17 —— DiffBind
一、 基本介绍 DiffBind是鉴定两个样本间差异结合位点的一个R包。主要用于peak数据集，包括对peaks的重叠和合并的处理，计算pea...
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软件16 —— ChIPseeker
一、 基本介绍 ChIPseeker可以用来对ChIP-seq数据进行注释与可视化。 二、 使用方法 (1) 安装并载入R包 (2) bed...
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软件15 —— exomePeak2
一、 基本介绍 exomePeak2使用bam文件进行peak calling以及peak统计，它整合了meRIP-seq数据分析的常规分析内...
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软件14 —— IGV一、 基本介绍 IGV（Integrative Genomics Viewer）是一款本地即可使用的基因组浏览器。支持BAM、SAM、GOBY...
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软件13 —— rMATS一、 基本介绍 rMATS是一款对RNA-Seq数据进行差异可变剪切分析的软件。其通过rMATS统计模型对不同样本（有生物学重复的）进行可变剪...
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软件11 —— deeptools一、 基本介绍 deeptools是基于Python开发的一套工具，用于处理诸如RNA-seq、ChIP-seq、MNase-seq、ATAC...
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软件10 —— HOMER和bedtools一、 基本介绍 HOMER（Hypergeometric Optimization of Motif EnRichment），用于Motif的...
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软件9 —— MACS2
一、 基本介绍 ※ 峰识别（peak calling）工具包括：MACS2和HOMER（适用于ChIP-seq和ATAC-seq）、HMMRA...
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软件8 —— salmon一、 基本介绍 Salmon是一款新的、极快的转录组计数软件。它与Kallisto和Sailfish类似，可以不通过mapping而获得基因的...