发简信
IP属地：上海
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The calculation of modulescore in Seurat
The Module Score calculation is designed to refine the mean expression o...
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several facts of SCENIC
1. GENIE3对于输入的expression matrix，既可以是UMI counts，也可以是library-size normaliz...
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The process of SCENICLast week we learned Transcription factor motif finding, also, recently ...
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fastMNN and harmonyIn analyzing scRNA-seq data, batch effects are an influential source of ...
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“bracketed paste” mode in shell
在shell中，我们粘贴多行代码的时候，shell大概率会把“换行”识别为“回车”并逐行运行，这会导致你没法粘贴多行的代码。这是因为shell很...
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NOTEs
取得某个GO term的基因列表 Velocyto画图show.velocity.on.embedding.cor报错：OpenBLAS War...
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错误解决：Error: Failed to install 'SeuratWrappers' from local: Failed to connect to api.github.com ...
通过remotes::install_github函数安装github上的包时报错： 我尝试很久没法解决，选择手动下载zip包后上传至服务器，然...
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细胞数量较大的单细胞数据的ssgsea：分cluster并小份算
近来处理了一个22w个细胞的单细胞数据，数据过多，做GSVA直接卡住好几天，本来尝试每200个细胞这样计算然后拼接起来，函数也写好了，跑完后突然...
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GSA、GSEA、ssGSEA、GSVA的算法原理及它们的联系与区别一、 简述 为了从基因的表达水平中得到更加具体直观的生物学功能变化的信息，多种基于已知的基因集的分析方法应运而生。其中，基因集分析（Ge...