生命数据科学

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人类miRNA名称标准化数据库
该数据库致力于收集、整理和提供规范化的miRNA命名信息，为学术界提供方便快捷的查询工具。通过使用这个数据库，研究者能够迅速找到所需的miRNA...

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还在为毕业论文参考文献格式发愁吗，来试试批量国标（GB7714）引文数据库
好久不见，最近一直没更新，日更幻想破灭了，不过还是很开心，建库成功了建库背景：又逢一年毕业季，每次引文都要一篇一篇复制粘贴去Pub...

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Pubmed挖掘工具——提取数据库
手敲一篇推文，昨天搭了个数据库，主要用于存放和检索PubMed中出现过的数据库~ 地址： https://haoran-chen.shinyap...

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TCGA数据库 | 临床数据不仅仅只有clinical.tsv
其实经常分析TCGA数据库时会发现，clinical.tsv中基本没什么可用信息，大部分数据都是缺失的，那么，如何获取比较全面的临床数据，有哪些...

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STRINGdb | 交互式可视化蛋白网络互作
在STRING数据库中提交基因，获取PPI网络是比较常规的操作，包括下游使用cytoscape进行美化和hub网络的提取，但过程还是比较麻烦，本...

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GEOsampleDB——搞定大规模GEO检索时的样本筛选
在GEO检索时，总能见到一些奇怪命名的样本，这或许与测序时的脱敏相关，但这也给后续数据使用时的筛选带来不便，本期主要介绍一个数据库，能大大提高样...

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生信小操作（一）
本系列主要定期集中记录一些实用的生信操作 1. 第一列作为行名，构建数值矩阵假如我刚读取了一个表达谱矩阵gene_exp，第一列为基因名，其余...

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GO、KEGG、GSVA、GSEA | 多种富集方法该如何选择
我个人看法，不一定对哈，首先，GSEA和GSVA不是一回事，不能放在一起说。 GSVA主要是通过感兴趣的基因集来划分样本，有样本基因表达谱和一个...

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scRNA-seq | 随机抽选500个细胞

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