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用mummer画图吧，可以按自己想要的顺序，dotplotly会自动排序设置不了，除非自己修改脚本
dotPlotly－Minimap2比对paf文件比对可视化
最近进行基因组共线性分析，基因组比较大，利用nucmer比对报内存，改用minimap2进行比对分析，进行可视化发现dotPlotly[https://github.com/...
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基因组太大，共线性，minimap比对调整-f，nucmer调整-c，不易爆内存😷
dotPlotly－Minimap2比对paf文件比对可视化
最近进行基因组共线性分析，基因组比较大，利用nucmer比对报内存，改用minimap2进行比对分析，进行可视化发现dotPlotly[https://github.com/...
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修改dotPlotly脚本，加上expand=c(0,0) 这句话 scale_x_continuous(breaks = cumsum(as.numeric(chromMax)),
labels = levels(alignments$refID),expand = c(0, 0))dotPlotly－Minimap2比对paf文件比对可视化
最近进行基因组共线性分析，基因组比较大，利用nucmer比对报内存，改用minimap2进行比对分析，进行可视化发现dotPlotly[https://github.com/...
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RNA-seq练习 第三部分（DEseq2筛选差异表达基因,可视化）DEseq2筛选差异表达基因并注释(bioMart) DESeq2对于输入数据的要求1.DEseq2要求输入数据是由整数组成的矩阵。2.DESeq2要求矩阵是没有标准化的。D...
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dotPlotly－Minimap2比对paf文件比对可视化最近进行基因组共线性分析，基因组比较大，利用nucmer比对报内存，改用minimap2进行比对分析，进行可视化发现dotPlotly[https://github.com/...
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python-gffutils 修改gff3文件基因名称gff3格式 基因结构注释文件一般为gff3的格式，一共是9列，依次为基因组序列id，注释来源，类型，起始位置，终止位置，得分，正负链，相位，属性。基因结构注释文件中，基因包...
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MNIST数据集介绍及读取2019.2.23 星期六 多云 biolearn MNIST数据集是机器学习领域中非常经典的一个数据集，由60000个训练样本和10000个测试样本组成，每个样本都是一...
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线性回归原理以及Python实现2018.12.9 星期天 阴 biolearn在统计学中，线性回归是利用线性回归方程对一个或多个自变量和因变量之间的关系进行建模的一种回归分析方法，只有一个自变量的...
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奇异值分解原理及Python实例2018.11.28 星期三 晴 biolearn 奇异值分解 SVD（Singular Value Decomposition）是一种重要的矩阵分解方法，可以看做是特...
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使用cd-hit对蛋白质或核酸序列进行聚类
2018.9.7 星期四 多云 biolearn cd-hit 是用于蛋白质序列或核酸序列聚类的工具，根据序列的相似度对序列进行聚类以去除冗余的序列，一般用于构建非冗余...
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使用Henikoff框架对序列进行权重的原理和计算方法
2018.7.28 星期六 晴 biolearn 通过blast、hhblits或者其他方式构建的多序列比对（MSA）都存在大量的冗余，这些冗余的序列导致多序列比对的多...
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R语言—ggplot2画图如何使用分面原创 2018.6.2 星期六 晴 biolearn 两种方法：使用 facet_grid() 或 facet_wrap() 函数 1. facet_...
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R语言—ggplot2画图如何截断 y 轴原创 2018.5.31 星期四 小雨 biolearn 如何利用 R 实现从 A 图到 B 图？ 只需要三步，画下面一半，画上面一半，拼起来即可 1. 画下面一半...
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使用rsync下载PDB数据库
2018.5.28 星期一 多云 biolearn 从PDB数据库下载复合物的结构有两种方式，一是直接通过网页检索下载，二是使用rsync从PDB ftp端下载。 下载指...
