前言 很多人问我有没有关于全基因组关联分析（GWAS）原理的书籍或者文章推荐。 其实我个人觉得，做这个分析，先从跑流程开始，再去看原理。 为什么...
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全基因组关联分析学习资料（GWAS tutorial）
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获得染色体水平的基因组NG. 玉米. Genome assembly of a tropical maize inbred line provides insight...
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QTLseqr包实战偶然发现有个R包可以做相关的QTL 分析。拿来试试。 首先 安装,参考官方文档https://github.com/bmansfeld/QTLs...
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群体遗传中基于SNP的PCA分析
基于群体遗传中变异信息文件VCF来分析PCA 第一种方法 可以使用plink软件直接进行分析 plink --vcf all_genotypeg...
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structure软件使用
PCA和进化树虽然也可以分析群体结构，但是一些细节的信息无法做出判断，这时候就需要单独的对群体结构进行一个解读了。 在做structure的时候...
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四、遗传漂移1. 遗传漂移的成因 产生遗传漂移的实质是有限群体遗传信息在世代间传递过程中遗传抽样（genetic sample造成的）。现实植物群体可看成...
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全基因组关联分析（GWAS）-群体结构与亲缘关系1、群体结构及其对 GWAS 的影响 群体结构的来源image.png群体结构对GWAS的影响--混淆变量Ancestry可以导致混淆变量（co...
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全基因组关联分析（GWAS）-基本分析内容1、GWAS 流程 image.png数据质控• 1）按分型百分比条件过滤，多数文章剔除缺失率在20%以上的位点，样本量较大的群体中，可以将缺失...
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玉米全基因关联分析 ( GWAS Analysis Pipeline )全基因组关联分析是基于数量性状连锁不平衡理论，通过表型与基因型关联分析获得影响表型性状的显著关联标记。 1. 软件 Tassel / Gaipt...
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GWAS后续分析：多基因风险评分(Polygenic Risk Score)的计算一、什么是多基因风险评分 传统的GWAS研究只计算单个SNP位点与表型之间的关联性，再用Bonferroni校正，通过给定的阈值，筛选出显著的S...
专题公告
群体遗传的相关内容， 包括GWAS，QTL，选择进化等
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