oligo包官方介绍：https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/oligo.htm...
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RNA-seq学习：No.11 oligo包读取Array芯片原始数据(CEL.gz)) -
aglient芯片原始数据处理本文讲的是aglient芯片原始数据的处理，参考资料是limma 的userguide文档。GEO数据库下载的表达矩阵不符合预期，比如是空的，或...
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RNA-seq数据的上游处理及工具HISAT2; STAR; RSEM; featureCounts; Htseq-count; kallisto; salmon
欢迎批评指正 一、上游处理流程 上游处理步骤包括质量检测、质量控制、比对、定量[2]，每一步处理数据的目的都是不同，也有相关的软件与之对应。通过...
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『读书笔记』- DESeq2 官方文件阅读笔记 01正文前先容我扯两句蛋 昨天群里交流WGCNA的时候和大家聊到软件教程，现在很多人来了直接就网上各种教程搜一大堆，然后follow别人的code，...
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转录组数据定量归一化
作者：二十八画生审稿：童蒙编辑：amethyst 引言 经常看到类似的提问：转录组测序分析中FPKM和TPM哪个归一化方法好？小编并不盲从，此前...
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GSE83521/GSE89143去除批次效应老大在群里出的题，说感觉这个热图很诡异，然后中间我自己没有用boxplot查看数据的表达量，对于数据不能有正确的认识，导致一开始的deg的log...
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GEO数据分析之DEG分析后绘图差异基因分析之后进行，绘图展示结果。 二、绘图 ggplot2作图 未加配对信息 配对信息 批量作图 可以自己一张张画，也可以批量地作图，批量画...
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GEO数据分析之差异基因分析Step2-Differential-Expression-Genes 上一篇中做了：GEO数据下载和表达矩阵提取及质控。接下来是差异基因的获得...
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差异表达edgeR，limma（下）对样本的无监督聚类 在我们看来，用于检查基因表达分析的最重要的探索性图表之一便是MDS图或其余类似的图。这种图表使用无监督聚类方法展示出了样品间...
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差异表达edgeR，limma（上）
第一部分 背景介绍 为了方便起见，直接选用airway的数据作为训练数据 基因注释 第二部分 得到DGEList，并对其进行操作 使用symbo...
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