导读 本文将介绍三种使用VCF文件，构建系统发育树的方法，包括程序的安装，使用，已及系统发育树的可视化与美化。 1. VCF2Dis VCF2D...
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利用VCF文件构建系统发育树
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记录一个在线的系统发育分析网站Phylogeny.fr网站地址：http://www.phylogeny.fr/[http://www.phylogeny.fr/] 从2008和2010年发文章以来...
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课程论文翻译古代杂交事件为慈鲷科鱼类的适应辐射提供动力 Ancient hybridization fuels rapid cichlid fish ada...
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从fastq到群体结构分析软件及命令行实现
比对分析 bwa 排序，因为后续处理都需要按照基因组顺序进行排序 进行捕获数据的提取和统计 去除重复区域 统计深度信息 建立索引 变异检测 ga...
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全基因组重测序基础及高级分析知识汇总
转自：http://www.360doc.com/content/18/0208/11/19913717_728563847.shtml 全基因...
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基因家族扩张与收缩分析及物种进化树构建（上）一、数据准备 首先，选取不同物种的Protein数据集：Arabidopsis_thaliana.fa；Citrus_grandis.fa；Di...
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GWAS生物学相关名词解释
背景基因 与所研究的表现型直接有关的基因以外的全部基因的总称 LD : 当位于某一座位的特定等位基因与另一座位的某一等位基因同时出现的概率大于群...
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多基因风险评分分析（Polygenic risk score）多基因风险评分是一个用来评估个体患某种疾病风险的方法，它是通过GWAS统计数据的基因型效应值来计算的。计算公式如下： n: 纳入的SNP的数量；...
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2018-11-06 GWAS实战（七）plink 进阶之关联分析这一节说的是association analysis 也是我们分析单标记回归得到的结果（P值）的一步，这一步的结果可以用来与我第一讲 联合起来，...
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GWAS 分析练习（二）关联分析关联分析就是将突变与表型联系起来，如果表型是分类的，最简单的方法就是卡方检验。plink - -assoc 原理就是这样，但不能添加协变量，pl...
专题公告
群体遗传学相关分析
重测序数据分析
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