利用clusterProfiler进行富集分析时,发现网上没有物种包OrgDb,利用网上教程构建了一个。主要参考了刘小泽的简书,特别感谢一下!!...
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简要介绍利用eggNOG进行在线注释GO 其原理将query序列与eggNOG编号的蛋白进行多序列比对,确定保守位点,分析其进化关系。 每个eg...
clusterProfiler 是业界大神Y叔写的一个R包,可以用来做各种富集分析,如GO、KEGG、DO(Disease Ontology a...
clusterProfiler这个R包主要是做GO和KEGG的功能富集及其可视化。 首先考虑一个问题:clusterProfiler做GO和KE...
官方说明:https://github.com/eggnogdb/eggnog-mapper/wiki/eggNOG-mapper-v2.1.5...
生物信息分析中,接触最多的莫过于基因富集分析,故在此基础上目前已经开发了很多种富集分析工具,如网页版的DAVID、KOBAS、GOEAST,We...
数据来源表达量差异分析的表格,需要log2(foldchange),Pvalue,FDR 上下调基因筛选,上调基因筛选条件log2(foldch...
写在前面 最近真是烦心啊,事事不顺,找个日子我要找大师算一卦。😂 大家基本都会做富集分析,但有时候terms实在太多,读起来真是累,也搞不清到底...
目前最好用、最完整的功能注释软件是 eggnog-mapper。新版本包括基因组和功能数据库的全面更新,以及效率增强和几个新功能。 从原始重叠群...
富集分析是生物医学论文中非常常见的一类分析,例如GO富集分析,Pathway富集分析等。其结果一般包括以下几个要素:1,名字(GO term或者...
专题公告
专注转录组注释和富集