选择压力及基因在进化过程中所受到的压力，也称自然选择。 在遗传学中， Ka/Ks或者dN/dS表示的是非同义突变频率(Ka)和同义突变频率（Ks...
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选择压力分析，从序列下载到结果绘图 -
提取一下指定区间的snp
提取一下这个区间的3K的snp，chr2：1913522-1918048
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数据分析实战 | Hi-C数据格式转化Raw contact to .hic → juicer_tools 软件地址：https://github.com/aidenlab/jui...
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【如何使用Jellyfish进行Kmer频数统计分析？】2022年版本
软件概述 将基因组等序列文件，按长度为K的字符串进行切割、归类以及频数统计。 软件安装 软件版本：2.3.0 软件使用 可以直接查看帮助文档：m...
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基因存在或缺失判断依据怎么判断测序样本的reads与参考基因组比对，每一个基因的CDS区域与基因主体区域，如果CDS区域大于95%且基因主体大于85%的判断为基因存在...
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泛基因组分析-基本流程代码以下是自己使用map-to-pan分析泛基因组的部分代码，仅供参考:统计fasta序列的N50、N90以及最短、最长序列 现在需要筛选大于500...
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orthofinder分析泛基因组及可视化数据准备GeneCount文件包含了所有同源基因组数目不为1的所有基因组，在各个样本中的数目；UnassignedGenes文件则包含了仅包含一...
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无参转录组差异表达分析（重点火山图）拿到表达矩阵之后，首先构建dds。 可以看到有2053的上调基因，有2129的下调基因以及140624的低表达的基因。这三个数据就是我们后续画火...
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差异表达分析——DEseq2差异基因筛选的常见方法有edgeR, DEseq2, EBseq等，这篇文章主要介绍DEseq2。 官方网站：https://bioconduc...
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