在TCGA数据库下载文件有很多种方法: 一.利用R语言下载(本文重点介绍这个) 方法1:TCGAbiolinks包(首推这个方法!!目前没发现明...
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加载之前下载并保存的文件 注意:这里介绍的差异分析方法有三种,其中limma是最经典的,但是limma是必须接受log之后的值,才能正确算出差异...
加载并处理数据 针对临床资料某一因素,如年龄,性别等进行生存分析,并画图 针对基因的生存分析:方法一:挑选感兴趣的基因做生存分析 针对基因的生存...
一.整理并加载数据 (这里没有把整理数据步骤放进去,直接加载的已经整理好的maf文件) 二.把基因突变情况可视化 三.画基因突变瀑布图 纵是基因...
TCGA-301-数据下载方式导言 老大已给出链接 下载这些数据需要用GDC软件 下载数据后的理解很重要
TCGA-205-文章规律讲解 三种规律1.Signatures2.WGCNALASSOCOX3.ceRNA(近五年热点) 1.Part 1 -...
TCGA-204-使用firehose网页工具 ucsc中的xena整理的数据非常全,但这个浏览器只能做感兴趣的一个一个基因,当我们没有感兴趣的...
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专题公告
视频在https://www.bilibili.com/video/av49363776 ,如果大家R语言能力不够,就主要学习网页工具 https://www.cbioportal.org/ 等等,如果R语言还行,就看代码: https://github.com/jmzeng1314/tcga_example
如果确实有需要,还可以看看我们的付费内容:地址是 http://jm.grazy.cn/index/mulitcourse/index.html