学习使用GROMACS已经很久了，但是一直停留在很初级的应用上面，对高级技巧并不了解。就连做生物体系几乎必做的MMPBSA分析都没有尝试过。乘着...
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Python-Matplotlib做gmx_MMPBSA计算结果展示
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Parameters in DPD (Dissipative Particle Dynamics) model and the units conversion
by Yawei Liu @Sydney, Australia 2020/01/15 DPD model In the DPD model, ...
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Packmol安装时make错误
Packmol是分子模拟中最常用的搭建初始构型的软件。轻便、快捷的特性使其在诸多建模软件中脱颖而出。不过近日在Win10的Linux子系统中安装...
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PLUMED系列-Trieste使用PLUMED分析轨迹
翻译自:Trieste tutorial: Analyzing trajectories using PLUMED 目标 主要是熟悉PLUMED...
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CGenFF产生小分子Charmm力场拓扑文件
CGenFF网站现已提供python3版本的charmm2gmx脚本，下载链接如下： cgenff_charmm2gmx_py3.py ——20...
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GMX中常见小错误汇总
长期更新 2018.10.29 Q: gmx genion命令：往溶剂中添加离子时报错："No line with moleculetype S...
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CPPTRAJ聚类/团簇分析教程
by Daniel R. Rose原文地址 从分子动力学模拟中确定结构布居(structure populations)的一种方法是聚类/团簇分...
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gromacs使用额外水模型
在我们MD中我们有时候很少进行水模型的选择，很多时候我们对于不要求精确的体系使用spc水模型，对于相对要求精确的模型一般使用tip3p模型，对于...
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GMX中墙与冻结组的设置
GROMACS分子动力学模拟计算过程中，常需设置二维的周期化条件与冻结组，下面简要介绍一下这两种设置的实现与注意事项： 二维周期化条件通常是配合...
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Rosetta系列-FloppyTail构建蛋白柔性尾转载请联系，且保留链接 使用这个代码需要蛋白具有长的柔性尾，在晶体结构中是缺失的，生物化学证据表明已知结合伴侣上尾部的特定结合位点.该代码旨在模...
专题公告
分子动力学模拟学习过程中的一些资料翻译和心得；
放在这里可能有些不合时宜，但也希望能遇到同行相互交流学习；
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