1.首先安装eggnog-mapper软件 注释所需要的物种数据库网址如下，同时也可以用里面的脚本download_eggnog_data.py...
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构建自己物种的orgDb
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KEGG分析工具：pathview基本操作什么是KEGG KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)是系统分析基因功能、基因组信息数据库，...
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根据基因名称批量提取基因序列实验中经常需要从基因组中提取、序列用于设计引物，或者进行基因功能研究等，之前看到别人使用的一个脚本，自己拿来用一下，感觉确实很方便 在网站[ht...
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Tools:seqkit快速多线程全平台fastq处理工具
seqkit的使用方法[https://bioinf.shenwei.me/seqkit/]seqkit github[https://gith...
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【陪你学·生信】十二、RNA相关的简单分析
本章将介绍一些极简单的RNA生信分析，如利用在线网站预测RNA分子二级结构，分析非编码RNA（non-coding RNA）等。前面我们讲过D...
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R语言可视化（二十七）：序列logo图绘制27. 序列logo图绘制 清除当前环境中的变量 设置工作目录 使用seqLogo包绘制序列logo图 使用ggseqlogo包绘制序列logo...
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聊聊“基因组共线性”最近看了几篇关于共线性分析的微信/简书推送，发现不少研究人员把“编码基因共线性”错误地描述为“全基因组共线性”。这是两个完全不同的概念，前者主要...
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数据库 | 基因组注释导读 从网上收集的一些数据库信息，方便学习查看： VFDB PHI TCDB Swiss Prot Pfam GO eggnog-mapper:...
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在R中利用fasta序列构建进化树“进化树的构建怎么操作？”“那肯定是用MEGA啊！” 可是真的好麻烦啊，要先比对再建树，然后再进行各种美化，习惯了R就用R解决吧。 简单Goog...
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基因组共线性工具MCScanXMCScanX一般是做基因组之间的共线性 一、MCScanX安装 MCScanX官网http://chibba.pgml.uga.edu/mcs...
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