官网：http://bioinf.wehi.edu.au/featureCounts/。featureCounts与subread、subjun...
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RNA-seq上游分析的最后一站：featureCounts
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转录组分析6——GO/KEGG富集分析莎莎写于2020.5.2这是5月坚持的第2天，要一直坚持写啊，加油! 差异基因的功能注释和富集分析: • GO和KEGG富集分析• 基因集富集分...
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转录组分析5——差异表达分析差异表达分析内容：• 基因表达量的标准化方法及可视化➢ counts，RPKM，FPKM，TPM➢ PCA图、热图等• 差异表达分析及可视化➢ ...
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【Bioconductor系列】如何用Bioconductor对基因组注释
这一次，我们来聊聊基因组注释。首先问自己一个问题，为什么要进行基因注释。就我目前而言，它用来解决如下问题： 在mapping-by-sequen...
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转录组入门(8): 富集分析
我们统一选择p<0.05而且abs(logFC)大于1的基因为显著差异表达基因集，对这个基因集用R包做KEGG/GO超几何分布检验分析。然后把表...
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转录组入门（7）：差异表达分析这个步骤推荐在R里面做，载入表达矩阵，然后设置好分组信息，统一用DEseq2进行差异分析，当然也可以走走edgeR或者limma的voom流程。...
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FPKM/RPKM都是错的，那还有哪些标准化方法目录 1. 标准化 1.1. House-keeping gene(s) 1.2. spike-in 1.3. CPM 1.4. TCS 1.5...
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转录组入门(6)： reads计数要求 实现这个功能的软件也很多，还是烦请大家先自己搜索几个教程，入门请统一用htseq-count，对每个样本都会输出一个表达量文件。需要用脚本...
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