群体分析 - 专题

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群体分析

收录了21篇文章 · 28人关注

多款软件进行vcf合并-gatk、vcftools、bcftools
vcf文件储存的是样本的变异信息文件，在同一批次分析中，如果不是采用joint calling的方式进行分析，最终会获得单个样本的变异数据。这种...

6.1 xiaoji_hb 1 58
MUMMER 两个基因组间比较
MUMmer出现的历史背景测序技术刚开始发展的时候，大家得到的序列都是单个基因的长度，所以一般都是逐个基因的比较，用的都是BLAST或FASTA...

5.1 生信师姐 2 46

Fst的计算原理与实战
概念回顾 Fst：群体间遗传分化指数，是种群分化和遗传距离的一种衡量方法，分化指数越大，差异越大。适用于亚群体间多样性的比较。用于衡量种群分化...

4.4 lakeseafly 16 54
作图群体概念及分类介绍
这是很多年前做的关于作图群体的PPT，懒得再排版了，直接截图上传了，需要PPT的可以私信小编。在介绍作图群体前我们先看一下之类性状和数量性状的差...

0.8 bioYIYI 2 13
「GATK 3.8」FastaStats和CountReads介绍
GATK的本职工作是Variant calling，但是就像我之前所说的，它作为基因组分析工具箱，还是有很多其他工具，今天学习的是诊断和质量控制...

0.3 xuzhougeng 0 1
「简化基因组」如何过滤用GATK分析得到的SNP
GATK官方提供了一个SNP过滤的标准，howto-apply-hard-filters-to-a-call-set,如果你按照它的要求来过滤简...

3.5 xuzhougeng 8 32
生信学习笔记：使用SNP data做基因渗入分析 (1)
最近想用自己有的数据做一下基因渗入的分析。由于之前没有了解过太多这方面的知识，于是从github上找到了一份不错的教程，借此机会与大家一起学习一...

4.7 lakeseafly 13 53

LD衰减图的理解与应用
在群体遗传学研究中，LD连锁不平衡分析是最常见的分析内容，也是关联分析的基础。如何正确理解并且进行相关的LD连锁不平衡分析是群体遗传中很基本的一...

7.2 lakeseafly 14 92 2
连锁不平衡（LD）分析。
在群体遗传学研究中，LD连锁不平衡分析是非常常见的内容，同时也是关联分析的基础。在很多的遗传进化GWAS的文章中都会出现LD衰减或者block单...

3.0 要快乐_更要经历山河 6 51
PCA的分析
常用的工具 PCA分析中常用的工具有GCTA中的PCA模块，老牌的软件EIGENSOFT中的smartpca，还有很多最近推出的R包都能够做PC...

3.5 lakeseafly 21 48 1