系列笔记基于达澈生物讲座视频，从中初步学习了解生信分析中常遇到的组学分析技术。ChIP-seq和 CUT&Tag、CUT&RUN讲座视频笔记 -...
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Ribo-seq讲座视频笔记 -
改造IGV （八）- 基于RNAseq测序数据 - 人工进行基因结构注释矫正写在前面 课题组目前做一些基因组相关工作。了解基因组的朋友应该明白，基因结构注释错误几乎遍布所有基因组，包括我们目前看到的大多数即使是发表在顶级...
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在IGV里同时查看多个region/gene之前使用IGV查看ChIP-seq结果的时候，一般就是只看某一个基因附近的peaks，或者同时打开好几个IGV界面(sessions)查看多个基...
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我可能是最后一个知道IGV也可以overlap Track的
之前一直非常眼馋Gviz的这个overlay功能。 因为我们做ChIP-Seq的时候，会有IP和Input。尽管我们可以在发文章的时候，在IGV...
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【基因组学】使用IGV可视化查看基因组重测序比对结果写在前面IGV能够将基因组的变异情况可视化，因此广泛应用于基因组学的研究中。下面我以windows下的IGV为例，介绍一下IGV在查看基因组变异...
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使用Excel对read counts表达矩阵进行简单的差异分析获得read counts的表达矩阵后，一般来说可以用DESeq2、limma和edgeR等R包进行差异比较分析。 本文将展示利用Excel进行...
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circRNA-miRNA-mRNA相关笔记1. circbase（http://www.circbase.org/）用于查找circRNA的序列。 2. TargetScan（https...
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双端测序fastq及sam文件理解最近在做一些bam文件质控的时候，发现没有深入理解一些文件格式，只是参考别人代码跑数据，感觉心里是很虚的，仔细查了些资料，才有了初步的了解，主要...
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fastq格式文件及phred33的判断Fastq格式文件储存了生物序列的信息及其质量信息。以电脑中的一个文件的为例 1 格式说明 第一行：必须@开头，紧跟唯一的序列的ID标识符，后面...
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线粒体相关基因的数据库最近想看线粒体代谢相关基因在自己测序数据中是否有差异，找了好久，没找到一个合适的基因列表，早上真的是太太幸运啦！！！我搜了下mitochondr...
专题公告
敲代码过程中不太了解的概念
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