首先，目前肠道微生物联系最紧密的三种代谢产物是氨基酸、短链脂肪酸或胆汁酸，以这三种代谢产物做靶向检测与微生物组学做关联分析也占绝大多数。否则，便...
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代谢组学如何结合16S 测序与宏基因组测序 -
一个高杂合真菌基因组组装脚本（改代码版）
前言及背景 什么是基因组de novo测序？其是对某一物种进行高通量测序，利用高性能计算平台和生物信息学方法，在不依赖于参考基因组的情况下进行组...
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边际分布曲线图的绘制
思路和方法，学习重点是数据的筛选拆分、用多个表格的数据绘制分组图表，图层（Layer）的管理。 数据的筛选与拆分 原始数据依照《ggplot2:...
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高维数据可视化Visualizing data using t-SNE
t-SNE高维数据可视化（python）这篇文章非常好，贴出来的代码，直接可正确运行。 t-SNE算法理解：An illustrated int...
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Origin 也能做主成分分析？
最早了解到主成分分析（Principal Component Analysis，PCA）是在一位师兄的毕业答辩上，当时听得是云里雾里，一头雾水。...
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如何用Origin完成图表排版？
Origin的工程文件管理功能还是很不错的，在一个工程文件中可以新建多个文件夹，每个文件夹中又可存放很多表格和图表，非常便于实验数据和结果的管理...
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如何利用单细胞测序研究乳腺发育分化
乳腺上皮细胞（mammary epithelial cells，MECs）结构特征以及发育过程中如何受到调控，对于理解乳腺癌发生至关重要。 本研...
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TCGA数据库下载正常样本最近因为一些需求在研究TCGA数据库。关于TCGA数据库数据下载，随便搜搜就有很多文章，方法多样，可以通过R包也可以通过TCGA提供的官方下载器...
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NCBI上基因组文件格式及解释
最近在对于一些关于基因组的数据进行处理，发现如果在NCBI上下载一个物种例如E. coil的基因组序列之后，有很多并不常见的文件类型，例如.as...
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批量下载JGI（phytozome植物基因组数据库）数据写在前面 今天课题组师妹与我提到，其要下载Phytozome上的所有数据。这个事情，我在早在几年前干过。不过前年有整了一次。整体简单，以下附上之...
专题公告
生物信息学相关文章，用于临时存放生信的简书文章，后续将会整理到其他针对性更强的专题中去
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