单细胞RNA-seq数据挖掘 - 文集

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实验记录13: scanpy细胞分化轨迹推断大型真香现场
与上次翻车实验的不同：过滤了更多的细胞和基因。在处理数据时，低质量的细胞一定要清除掉，告诫大家宁缺毋滥。。。否则后续分析真的是一堆的噪点。跳...

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实验记录12: scanpy轨迹分析的大型翻车现场
3月29日天气晴心情雷暴 Preprosessing the data Denoising the graph（will skip it n...

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实验记录11：scanpy对scRNA-seq数据的聚类分析
R在读取和处理数据的过程中会将所有的变量和占用都储存在RAM当中，这样一来，对于海量的单细胞RNA-seq数据（尤其是超过250k的细胞量），即...

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[生信]单细胞测序数据分析的各类软件汇总
Github上有人收录了各类单细胞RNA测序的数据分析软件，包括RNA-seq和ATAC-seq等。https://github.com/sea...

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实验记录5：.h5文件解析为.tsv和.mtx格式
这篇主要针对Seurat包装不上hdf5r包的bug而无法使用Read10X_h5这个函数的读者。在使用Seurat包读取10Xgenomic...

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实验记录10: 用Monocle进行伪时间分析
概要本文主要讨论Seurat对象导入到Monocle中直接进行分析的可行性，分两种情况：①经过数据清洗、标准化和聚类的Seurat对象导入②未...

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实验记录9：Monocle包的使用方法
梗概参照官网教程：http://cole-trapnell-lab.github.io/monocle-release/docs/#getti...

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实验记录8：用R包clues评价聚类结果
梗概 ①从不同的tSNE聚类结果中根据一个R包来评判哪个更优 https://cran.r-project.org/web/packages/c...

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实验记录7：脾脏-Seurat聚类参数修改
梗概根据实验记录3的结果，调整参数来查看是否有更优的结果。方法一：修改PC的选择方法二：提高resolution（分辨率）方法一：修改PC的...

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