25篇文章 · 24580字 · 3人关注
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2020-07-23 靶向捕获测序数据分析记录5
写在前面：从7月16日开始到PICU轮转，前天跟值了一个夜班，可能是新人比较旺的缘故，从中午就开始收病人，一直忙到凌晨3点多，昨天早上6点过就起...
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2020-07-17靶向捕获测序数据分析记录4
查看下后台运行的程序情况： 已经成功转换的bam文件有250个，其中231个已经完成碱基质量值矫正，下一步则是HaplotypeCaller，参...
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2020-07-16 靶向捕获测序数据分析记录3昨天一直在调试代码，之前学习的时候只有一个样本，运行时间比较短，没有遇到现在的问题，现在实际分析数据是有600多个样本的，平均一个样本25分钟的...
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2020-07-14 靶向捕获测序数据分析记录2bam文件转换参考基因组版本 之前的质控结果提示有点问题，查找原因后发现，之前的bam文件是根据hg19参考基因组完成的，所以需要先进行版本转换...
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2020-07-13 靶向捕获测序数据分析记录1比对后bam文件质控 使用之前搭建的WES分析小环境：只保留软件及参考基因组数据注释相关文件通过Filezilla上传所有原始比对后的bam文件...
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生物信息学常见的数据下载，包括基因组，gtf，bed，注释
生物信息学常见的数据下载，包括基因组，gtf，bed，注释
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2020-07-09 WGS数据分析处理流程
1.拿到数据后先检查数据是否完整。用md5sum命令。 2.对数据进行质检。 3.与参考基因组进行比对。为什么要比对？我们已经知道NGS测序下来...
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2020-07-05 samtools踩坑记录
记录一下学习samtools遇到的问题，我安装后使用过程出了点问题，找到一个帖子https://www.jianshu.com/p/d72ff8...
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2020-06-28 学习WES数据分析流程5
ANNOVAR 注释软件注释过滤 其实之前也学习了点相关内容外显子数据处理笔记 3 ANNOVAR | 注释但当时没有好用的服务器，很多操作都没...
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